清朝入关进入北京，首先面对的就是各个明朝的政权，本来明朝都已经被李自成起义推翻了，人们对明朝也没太多的好感，但是女真的清朝来了就不一样了，对于中原的百姓和官员来说，那是外族入侵，于是都纷纷找到明朝的藩王，建立了好多南明政权。
明朝的大臣和藩王们相继建立了弘光、隆武、鲁监国、绍武、永历等割据政权，这些政权中，只有永历坚持的时间比较长，无论是弘光还是隆武，虽然都让清朝瑟瑟发抖，但最终都死在了内讧上，永历在西南坚持抗清，可以说团结了一切可以团结的力量，甚至农民军都来归顺，也是曾经形势一片大好，最后也是死于君臣不和的猜忌。
明朝的藩王遍布各地，因此清朝入关的初期，有了这些大明的后裔，也就有了抗清的旗帜，至少把反清复明的旗帜竖起来就可以拉起一批铁杆粉丝去闹革命了，所以最初的反清复明并没有去考虑崇祯皇帝的太子。
清朝最初运气也不错，李自成攻进北京，崇祯皇帝逼周皇后在坤宁宫自缢后，又用剑砍了袁贵妃和女儿长平公主，与对待女儿的方式不同，崇祯在死前命太子、皇三子、皇四子分别藏匿于公卿贵戚家中，于是这三个儿子就活了下来，而李自成在得到皇三子和四子之后，并没有杀他，而是好好养着，后来清兵入关，李自成也没有杀掉皇四子，可能是想把烫手的山芋留给清朝吧。
清朝入主中原，一直隐匿于民间的太子朱慈烺才找到其外祖父周奎府上投靠，并与妹妹长平公主抱头痛哭。但周奎却是一个买主求荣的角色，将太子献于清廷，清廷借口说太子是假冒的，杀死了太子。并且把证明太子不是假冒的15个人也全部杀死，而说太子是假冒的周奎等人都活了下来，周奎因此还得到清廷的特别嘉赏，这里我们就讨伐周奎了。
这件事情其实清朝做错了，虽然说借口太子是假的，可以毫无顾忌的杀掉，但同时也是昭告天下，真正的太子还没有被抓到，等于给了天下一个口实，在最初由于有很多藩王，所以有没有太子都没关系，但是当永历帝被吴三桂杀死以后，太子就显得尤为重要。
而清朝办的这件错事也就被人利用，因为崇祯皇帝的太子还没死，那么他就是法理上的继承人，反清复明举着他的牌子那是准没错的，最开始的朱三太子是四皇子朱慈炤。但随着朱慈韶隐姓埋名，所以朱三太子就成为一面旗帜，仅仅康熙年间，打着朱三太子起事的就有十多起，可见朱三太子这面旗帜有多么的吸引人。
对康熙来说，“朱三太子”本人并不可怕，但“朱三太子”这面大旗的感召力却不可轻视。所以，每次爆发以“朱三太子”为名号的起义，都会让康熙感觉犹如芒刺在背;而每次只抓到伪“朱三太子”，却让康熙大失所望、寝食难安。
最终朱三太子在康熙四十七年被抓，全族被杀，当然给的罪名也是冒充朱三太子，所以就让朱三太子一直在民间活着，在真正的朱三太子死后，还有人打着朱三太子的名义起事，可见清朝走了一步臭棋。正因为如此，朱三太子成为清朝初期一面不倒的旗帜。