东晋是一个弱势王朝，权臣王敦、桓温、桓玄、刘裕等人都有不臣之心，其中王敦失败了，桓温还没来得及篡位就病死了，其子桓玄废晋安帝建立桓楚政权，过了一把皇帝瘾，不过仅仅两年就兵败被杀，真正获得成功的是刘裕：419年刘裕杀晋安帝司马德宗，改立其同母弟司马德文为帝，史称晋恭帝;第二年(420年)六月，司马德文禅位于刘裕，东晋灭亡，同年九月刘裕再杀晋恭帝。
两百年前的220年东汉最后一位皇帝汉献帝刘协禅让帝位给曹丕，一百多年前的265年曹魏末帝曹奂禅让帝位给司马炎，不过刘协和曹奂禅位后都得到很好的待遇，比如曹丕封刘协为山阳公，食邑万户;司马炎封曹奂为陈留王，同样食邑万户，而且两人都得以善终，那么同样是禅让，为何到了刘裕这里，他却要先杀晋安帝、再杀晋恭帝以斩草除根?原因其实并不复杂。
第一，刘裕生于363年，419年已经56岁了，年近60岁花甲之年对于戎马一生的刘裕来说很有一种时不我待的迫切感，更为关键的是刘裕老来得子，406年他43岁的时候才有了长子刘义符，也就是说419年他最大的儿子也才13岁(很多人会对417年刘裕攻下长安后因为刘穆之病逝匆忙南归，为何留下年仅11岁的刘义真镇守长安?刘裕是被逼无奈，因为刘义真是次子，其他几个儿子年龄更小)。
自己已年老，儿子们还小，万一哪天自己驾鹤西去，司马氏还有可能卷土重来，所以刘裕不仅诛杀了晋安帝和晋恭帝，连在建康的司马氏皇族也全部被他屠杀干净，刘裕的出发点粗暴又简单，就是要斩草除根，以绝后患。
第二，东晋立国已逾百年，虽然孱弱但是在朝野仍有相当的号召力，十几年前的桓楚代晋就很不得人心也说明了这一点，而且东晋的门阀政治根深蒂固，有司马氏在，世家大族仍有很大可能会团结在司马氏身边。
还有一点不同的是，无论是曹魏代汉还是西晋代魏，在此之前都有比较长时间的铺垫和积累，比如曹魏有曹操和曹丕两代，司马氏有司马懿、司马师和司马昭、司马炎三代人的经营，朝野上下基本上都是自己人，而刘裕不同，白手起家根基又不深，朝廷内部也不是铁板一块，这也是刘裕攻下长安后听到刘穆之病逝后就不管不顾匆忙返回建康的原因所在。
第三，在杀晋安帝和晋恭帝之前，刘裕已经杀过两位皇帝了：一个是410年第一次北伐攻灭南燕，南燕末帝慕容超被押送到建康，在街市被斩首;另外一个是417年第二次北伐攻灭后秦，后秦末帝姚泓同样在建康闹市中被斩首。
对于刘裕来说，杀皇帝也不是第一次，杀晋安帝、晋恭帝和杀慕容超、姚泓也没什么区别，这也是晋安帝和晋恭帝死于非命的另外一个原因。
至于说刘裕杀尽司马氏是为了替刘氏复仇(刘裕是西汉楚元王刘交之后)，这个原因就有点牵强了。