三顾茅庐之后，刘备和诸葛亮一见如故，刘备曾说“孤之有孔明，犹鱼之有水也”。后人自然认为此君臣二人是“鱼水”关系。在《三国演义》中，刘备对诸葛亮更是言听计从，军政大事无不请他出谋划策。但在历史上，他们未必君臣相得。
直到白帝城托孤前，诸葛亮在蜀国的地位都并非是第一人。在夺取西川的战争中，刘备只是让诸葛亮守住荆州，而以庞统、法正作为主要谋士，辅佐自己西取巴蜀;在夺取汉中的战争中，谋士也是法正，诸葛亮却只是留在后方做点儿后勤工作而已。刘备进位汉中王时，法正的排名也在诸葛亮之前。
在攸关大局的战役中，刘备也并不是处处注重诸葛亮的谋略。刘备把镇守荆州的重任交给关羽，最终却导致了惨败的局面。如果刘备当时把关羽调入川中，而把诸葛亮和赵云留在荆州的话，可能就会是另一种结局了。
当关羽失掉荆州后，刘备举兵伐吴，也没有把诸葛亮带在身边，甚至都没有理会诸葛亮的意见。蜀军被火烧连营、一败涂地之后，诸葛亮感慨地说：“法正若在，肯定能阻止主上不来东征，就算东征，局势也不会弄得这么危险。”从这番话中，足以见得刘备对法正才称得上是言听计从，诸葛亮还是略逊一筹。
为什么会出现这样的情形呢?一些学者认为是由两个原因造成的：第一个原因是，刘备和诸葛亮在战略思想上经常会有分歧。诸葛亮始终坚持《隆中对》的基本战略方针：跨有荆、益两州，西和诸戎，南抚夷越，东结孙吴，北伐曹操。而其中维护孙刘联盟才是最关键的地方。但刘备占领汉中两年后就称帝了，显然只想割据西蜀、能称帝足矣，对诸葛亮“兴复汉室，还于旧都”的想法不太重视，以致发生了夷陵之战—蜀汉战败，继关羽失荆州后又一次实力大损。
第二个原因便是刘备对诸葛亮不是很信任。诸葛亮的亲哥哥诸葛瑾在吴国身居要职，并且作为吴国的使臣来讨要过荆州。面对这种复杂的社会人际关系，刘备在任用人才时也不会忽视。
千年之后，思想家王夫之对刘备和诸葛亮的关系有过非常深刻的分析：诸葛亮一定要存汉、灭曹，不结交东吴则要受东吴的牵制，难以兴北伐之师;而刘备的理想与此不同，刘备开始想自强，后来想自立为王，这种雄心与关羽合拍，所以他信任诸葛亮不如信任关羽，而且不如孙权信任诸葛瑾——刘备怀疑诸葛亮与东吴的情谊太深，甚至怀疑他与诸葛瑾相勾结……
而白帝城托孤时，刘备允诺诸葛亮可以取刘禅而代之，也只是一种无奈之举。在刘备去世前后，蜀中益州的土著和刘备带入蜀的荆、襄旧部之间的矛盾已经非常尖锐，而法正、庞统都已去世，刘备能够依赖的谋臣只有诸葛亮了。而且当时刘备白帝托孤的对象并非只有诸葛亮一人，他还让益州大族出身的李严同受遗诏。
可见，刘备与诸葛亮之间的“鱼水”关系只是《三国演义》留给后人的一种表面印象罢了。