历史上蒙古打南宋花了那么久时间，原因有很多。但我觉得最大的原因有两个：
蒙古人的自身原因
西夏和金是当时成吉思汗自己打的，以他的手段打败这两国是比较简单的事，而到了南宋那会儿，一直打一下停一下，这边一停南宋就有的修养的机会，然后再打，所以时间上感觉很久。
成吉思汗打完了西夏后，就依附了蒙古去打金国，但把自己的国力都打没了，后来拖雷顺势把西夏灭了。而此时的蒙古也一直在大金国，在成吉思汗断气时，金国已经被蒙古和南宋夹成了三明治。1230年窝阔台三路进攻金国，南宋也插上一脚，不到4年金国也在历史上消失。
本来接下来的目标就是南宋了，但蒙古此刻开始乱了，因为成吉思汗的去世导致内部权力的交接不愉快，成吉思汗死后的两年窝阔台才坐上王位。而之后蒙古帝国开始扩张到欧洲、中东，因为想做全球霸主，所以窝阔台也三路进攻南宋，但此刻他们还在打高丽，但是兵力有点不够用了。
1241年窝阔台去世，然后蒙古又开始乱了。窝阔台的王后乃马真夺了统治权，当了五年的摄政王;1242年拔都在西边建立金帐汗国。乃马真去世后贵由继位，但这个人身体不怎么好，没多久也嗝屁了
(窝阔台)
等到蒙哥成为蒙古大汗时已经是1251年，这时候金国已经没了十六年，而窝阔台也死了有十年了，所以在这段时间里，蒙古一直在上演宫斗剧，家里都忙得不可开交，哪有空管南蛮子。
我们从1264年忽必烈伐送开始算，到1276年南宋投降，1279年崖山之战后宋朝彻底灭亡，也就十五年时间，其实南宋跟西夏和金的时间差不多。而之所以感觉打南宋用了很久，主要是当时的南宋比西夏和金更坚强，而蒙古从窝阔台想攻打宋时算，打打停停，采用了几十年。
南方地形问题
我们知道蒙古人能打遍半个地球，靠的是冷兵器时代强力兵种：骑兵，这些骑兵在跟北方人作战因为地势平坦，打西夏、金国、花剌子模等都比较轻松。
但在南方，遇到长江淮河这样的地形，骑兵就懵了。蒙古在草原上，是没有水军的，当时最牛的就是“船桥军”，也就类似临时搭桥造船的工兵，有了这样的工兵提供便利就简单多了。
但南方不能只有水没有山啊。窝阔台当时对南方的地形了解的不够深刻，他们全线进攻，但兵力分散，打的灰头土脸;蒙古把重点放在四川，四川那样的地形更没有骑兵好果子吃，所以自己也被耗死在了钓鱼城。
而元朝的那些统领都喜欢先打郭靖守的襄阳，因为襄阳如果到手，那么南京和杭州自然门户大开。但不好打啊，骑兵虽然精悍，但遇到水战就会被宋军一顿胖揍，所以想要拿下襄阳，就必须练水军和造船。
围攻襄阳，必教练水军、造战舰为先务
元朝的阿术是个明白人，因此当时的蒙古果然训练了七万的水军，然后长江上游被拿下，襄樊也就陷落了，宋朝再也没有翻身之地。
襄阳陷落两年后，伯颜和阿术由汉水进入长江直逼南京，在临安会师后就结束几十年的蒙宋之战。因为南方地形让窝阔台懵圈、蒙哥耗死钓鱼台，因为水战不熟，训练水军用了那么多年时间，所以造成攻打南宋那么费力，用来那么多年的时间。
综上所述，蒙古打南宋用了那么长时间就是因为：蒙古宫廷内乱，南方地形复杂。但当忽必烈整合汉军，训练处了水军后，一切就结束了，南宋再也没有任何机会，只能等着从地图上消失。