南方民族地区施行的土司制度始于元朝，这种制度对南方民族地区的稳定与发展起过重要作用。
忽必烈攻灭大理国后，在云南及附近地区设置“五城”和19个万户府。《元史·世祖三》说：至元四年(1338)，世祖遣云南王忽哥赤镇大理、鄯阐、茶罕章、赤秃哥儿、金齿等处，设19个万户府，分别在大理、威楚、善阐、阳城堡等处。“五城”和19个万户府由驻大理的云南王所统辖。至元八年(1271)，元朝又分大理国三十七部旧地为南北中三路，设达鲁花赤总管。
至元五年(1268)，元朝“敕给黎、雅、嘉定新附民田”.至元十九年(1282)，元朝籍云南新附户，《元史》说自兀良合台出镇云南，
“凡八籍民户，四籍民田，民以为病。至是朝廷令已籍者勿动，新附者籍之”。
忽必烈在云南建立行省，把重任交给政治经验十分丰富的大臣赛典赤·赡思丁。赛典赤进入云南后，了解到云南政出多门，于是上奏忽必烈：“云南诸夷未附者尚多，今拟宣慰司兼行元帅府事，并听行省节制”。于是将宣慰司、元帅府置于行省的统领之下，又设置路府州县，废除以万户制度管理民政的做法。至元十三年，正式建立云南行省。
云南土官侬士贵率大小首领2000余人投降元朝，“降者八十余州，籍四十万户”，元朝 “不劳一矢而安定”。 赛典赤了解到宋朝在广西实行的羁縻府州制度，制定了土官制度，试行以后颇见在南方民族地区推行。
土官制度的基本内容，是朝廷任命土官为正式官吏，允许世袭。土官有正式品秩，在待遇、权利与义务方面均有规定。在边疆的行省下设军事机构性质的宣慰司，同时广泛任用土官为宣慰司各级官吏。组成由地方民族为成员的土军，平时由土官管辖，必要时朝廷可征调参战。土官及所管辖的土军，还在各地参加军民屯田。元朝广泛任用边疆民族首领为各级土官，对土官给予充分的信任。凡民族首领来降，朝廷根据势力大小授予以不同官职。以后若反叛，归降后仍可官复原职。
元朝建立后，将经营重点从北方逐渐转移到南方，为此积极经营云南、广西等南部边疆地区。蒙元统治者与南方少数民族同是汉人眼中的“蛮夷”，有明显的亲近感。蒙元在南方民族地区推行土官制度，授南方民族以协助统治的权力，同时给予较高的待遇和信任，缩小与南方少数民族的距离感，并增强改造和任用南方民族的信心，这些对后世都产生了极大的影响。
通过实行行省制度和土官制度，元朝对南部民族地区的统治明显深入，一方面使南部民族地区的农业、交通业、矿冶业、商业也有很大的发展，为明清两朝进一步经营这一地区，奠定了十分有利的基础。蒙元创造并广泛推行土官制度，还标志着中原王朝对边疆民族地区的统治，开始了因地制宜和具体化统治的时期。王朝统治者开始注意到接受统治的边疆民族，在历史发展传统、经济文化、习俗等方面的特点，重视分类施治，强调统治的有效性和持续性，对于蒙元有效统治南方少数民族地区具有重要意义。
蒙元对南方民族地区的统治也存在明显的不足与时代的局限：
首先，元朝统治中后期出现严重的腐败，直接影响到统治的持续有效性。这在西南民族地区造成的消极影响是显而易见的。通过统治从当地获取人力以补充军力，是蒙元统治者最关心的，至于全面进行统治并维持其稳定，则是较次要的问题。这些都反映出蒙元统治南部民族地区，在深度和可持续的程度方面，都存在较为明显的问题。
其次，蒙元在西南民族地区设立的机构不够稳定，经常变动。至元二十二年，元朝以荆湖行省所隶八番、罗甸隶西川行省。至元二十六年，以八番罗甸宣慰使司隶四川行省，以八番、罗甸隶湖广行省。以后又改思州安抚司为军民宣慰司，隶湖广行省。元贞元年又以亦奚不薜复隶云南行省。大德七年(1303)，仍以顺元改隶湖广行省。
蒙元施行的土官制度在施行中的随意性也较明显。除任用当地民族首领外，还任用一些蒙古人、色目人担任地方官员，许可世袭。 “元立行省设官，蒙古、汉人、土人错杂。”同时，一些本地的土官则被调换任职，事实上已成为流官。一些土官坐大甚至割据一方，朝廷对此也束手无策。比如大理国王后裔段氏降元后，被授宣慰司元帅之职。从元代中期起，段氏与镇守云南的蒙古梁王相对抗，双方屡动刀兵。最后蒙元只得被迫任命段宝为云南行省右丞兼任大理总管之职，承认了段氏在云南西部地区的割据。
元朝灭亡后，明代沿其旧制而行之，于西南边疆设置卫所，在卫所驻扎地区之外的区域普遍推行土司制度，但实行土司制度的地区基本上是边疆和僻地。明朝的目的是维持西南边疆的稳定，并没有对西南地区系统经营与全面开发的打算。所以在西南边疆推行由前代土官制度发展而来的土司制度，将其作为羁縻和维系本地“蛮夷”的政策，便成为朝廷必然的选择。
与元朝不同的是，明朝的各项制度不仅缜密细致，还体现出相互制衡的特点，土司制度也是如此。明朝在南方少数民族地区立宣慰、宣抚、安抚、长官诸司，其府州县的土官，与府州县的流官职掌皆同，凡司府州的县土官，准予世袭，
“有长有属，自食其土，不给以禄，岁各量出差发银，多寡有额。”
明朝在西南边疆的卫所，主要安置在农业地区及形胜险要之处，卫所屯田自给。明代后期，西南边疆地区获得迅速发展，以卫所将士及其后裔形成的市民、士绅阶层，是西南边疆维持稳定的重要社会基础，汉族移民融合本地居民的卫所，形成新的群体，也有助于卫所地区的管理。
不管是元朝还是明朝，都没有很好的解决土司割据的问题。这与土司制度自身局限性有关。就连土司办理承袭手续，官府都经常拖沓推诿，使不少应该承袭的土司势力反叛。元代民谣唱道：
“官府只爱一张纸(指土司委任状)，打失地方两千里。”
元、明两朝在西南边疆实行的土司统治，使得土司管理的地区长期滞留在封闭、落后的社会阶段，与其他地区差距不断扩大，直到雍正施行“改土归流”，才解决了这一长期存在的问题。