当清军入关建立大清朝后，西北部崛起的准格尔汗国也是一个强势的国家，虽然我们一再用平定或者剿灭的字眼来称呼对准格尔的讨伐，但是实际上，准噶尔是被承认的的汗国，建国长达百余年。
尤其是在噶尔丹时期，更是将准噶尔带上了巅峰，最强盛的时候控制超过七百万平方公里的土地。
历史上准格尔汗国极盛时期，制霸中亚，威压俄罗斯，兵锋最东逼近到离北京只有400公里(今赤峰市乌兰布统地区)的大帝国。
值得一提的是，噶尔丹还是康熙皇帝的女婿，蓝齐尔公主的丈夫。但是，葛尔丹属于蒙古部落之一，而清朝的皇帝不仅是满族的大汗，也是蒙古的大汗，这一点早在皇太极时期就已经确认了的。所以，清朝对准噶尔的战事可以用平叛来看待。
葛尔丹生平几乎都在反抗清王朝，他与俄罗斯拉拢关系，为的就是要更好地攻击清朝。1688年葛尔丹率军进攻喀尔喀，，继而进军内蒙古乌朱穆秦地区，直接威逼北京。
喀尔喀实际上当时已经归属清朝，葛尔丹的这一举动已经威胁到了北京的安危，在葛尔丹的再三挑衅下，国内局势也已经趋于稳定，康熙于是亲征准噶尔。
1695年九月，噶尔丹率领3万骑兵，大举内犯。第二年二月，康熙调集9万军队兵分三路亲征。他亲自率领的中路军经科图(今内蒙古苏尼特左旗北)向漠北挺进，逼近敌军。
噶尔丹得知康熙亲自率精锐前来，而清西路军又已过土剌河，恐被夹击便连夜西逃。
五月十三日，清西路大军抵达昭莫多(今蒙古乌兰巴托东南)，与噶尔丹军相隔15千米扎营。昭莫多地区多森林。清军将领采取以逸待劳、设伏截击的策略，将主力隐匿于树林之中，并派出400骑兵诱使噶尔丹军进入设伏地点。
噶尔丹果然率军追击，企图攻占清军控制的山头。清军将领孙思克率军驻守，双方激战。费扬古趁机指挥伏军迂回到敌后，并分兵袭击阵后家属、辎重。
噶尔丹军大败。清军乘胜追击，俘歼敌军数千人。噶尔丹西逃。噶尔丹率军东侵之际，后方叛乱。1697年二月，康熙再次亲征。噶尔丹众叛亲离，服毒自杀。最后他的手下看到领头但没有了，就纷纷放下手中的家伙投降了!
葛尔丹兵败并不意味着准噶尔就失败了，清朝和准噶尔的战争一直持续到乾隆时期才彻底结束，为了应对和西北的战争，雍正更是设立军机处，专门负责西北军事。
清代康熙 、雍正 、乾隆三朝为统一西北地区与准噶尔贵族进行的多次战争，在清代文献中通称为平定准噶尔。这场战争，起于1690年(清康熙二十九年)，迄于1757年(清乾隆二十二年)，历经三朝，跨度70年，才最终取得了完全胜利，最终结果是准噶尔蒙古被实施了彻底的种族灭绝。
准噶尔只剩下一个地理名词——这是历史上人类有文字记载的最后一次成功而彻底的种族灭绝，可见这仇恨之深，忌惮之重。也正因为人都死光了，所以历史上这场浩大的灭国战争就变成了轻描淡写的“平定叛乱”。