崇祯入宫当天，一夜未眠，取来巡视宦官身上的佩剑以防身，又牢记皇嫂张皇后的告诫，不吃宫中的食物，只吃袖中私藏的麦饼。整个宫中，都处在一种非常恐怖和压抑的气氛当中。
登基之后的崇祯，深知要除去魏忠贤，必须要首先稳固自己的地位并保证自己的安全。他一面像他的哥哥朱由校一样，优待魏忠贤和客氏，一面将信王府中的侍奉宦官和宫女逐渐带到了宫中，以保证自己的安全。
崇祯对魏忠贤表面上是依旧信任，但实则在静静地等候时机，暗暗地削弱魏忠贤的影响力。而魏忠贤却对崇祯是始终无法揣透其心意。
当时朝廷中的大臣们，都在寻思保全自己的良策，有投机的，有不动声色的，有冒死直谏的。最后倒魏，竟然首先是由魏忠贤的党羽发动的。天启七年十月十三日(农历，下同)，御史杨维垣上疏弹劾崔呈秀，却美化“厂臣”魏忠贤——“呈秀毫无益于厂臣，而且若厂臣所累。盖厂臣公而呈秀私，厂臣不爱钱而呈秀贪，厂臣尚知为国为民，而呈秀惟知恃权纳贿。”这分明是丢车保帅之策。
崔呈秀在魏忠贤将门下号称“五虎”之一，是魏忠贤的得力干将。而且，由于是魏忠贤的亲信，崔呈秀的儿子崔铎虽然目不识丁，居然中了进士。除去崔呈秀，等于断了魏忠贤一臂。朱由检免除崔呈秀兵部尚书一职，令他回乡守制。这掀开了倒魏的大幕。
敏锐的官员们觉察到政治局势的动向，于是弹劾魏忠贤的奏疏接二连三地出现。朱由检一直不动声色，任由臣工们攻击魏忠贤的浪潮一波胜过一波，中间还得面对魏忠贤的哭诉。十月二十六日，海盐县贡生钱嘉征上疏，列举魏忠贤的十大罪状：一、并帝;二、蔑后;三、弄兵;四、无二祖列宗;五、克削藩封;六、无圣;七、滥爵;八、掩边政、;九、伤民财;十、亵名器。
应当说，钱嘉征此疏并不是空洞的议论，十条罪名大都可以坐实。于是，朱由检立即开始行动，召魏忠贤，命令太监当着魏忠贤的面宣读钱嘉征的奏疏。魏忠贤“震恐伤魄”，立即去找他的赌友——原信王府太监徐应元，讨教对策。徐应元劝魏忠贤辞去爵位，也许可以保富贵。次日，魏忠贤请求引疾辞爵，得到朱由检的允许。
十一月一日，朱由检斥责徐应元，并再次将魏忠贤贬往中都凤阳祖陵司香。然而，魏忠贤是过惯了有权有势生活的人，出京的时候，竟然还带着卫兵1000人、大车四十余辆浩浩荡荡地向南而去。一个戴罪的宦官竟然如此跋扈，无疑刺激了朱由检敏感的神经。于是，崇祯接着下了一道谕旨，命锦衣卫旗校将魏忠贤缉拿回京。
十一月六日，在阜城县(今河北阜城)南关的旅舍中，亲兵散尽的魏忠贤孤零零地呆在客栈中，听着旁边房间里一名书生的《桂枝儿》小曲。只听得“势去时衰，零落如飘草……似这般荒凉也，真个不如死”。魏忠贤在客栈中绕房疾走，最后自缢而亡。从此，树倒猢狲散，清算魏忠贤余党的行动也很快着手进行。
崇祯在位期间爆发农民起义，关外后金政权虎视眈眈，已处于内忧外患的境地。崇祯事事独断，事事亲为，其性多疑，刚愎自用，最终也无法挽救衰微的大明皇朝。1644年李自成军攻破北京时于煤山自缢身亡，终年34岁，在位17年。
虽然崇祯成了亡国之君，大明王朝在他的手里断送，但他在位期间不动声色中除去了权倾朝野的魏忠贤，还算是干了一件最漂亮的事。