宋孝宗即位前一年(1161年)，由于金兵大举南下入侵，这也让主战派再次抬头。当时，太学生程宏图、殿中侍御史杜莘老等人纷纷上奏，希望宋高宗“昭雪岳飞，录其子孙， 以激天下忠臣义士之气”，在金兵南下和群臣激愤的态势下，宋高宗不得已下诏，将流放羁管于岭南等地的岳飞家属恢复自由“放令逐便”。
绍兴三十二年(1162年)六月，宋孝宗正式即位，就在执政的第二个月，宋孝宗就下令召主战派老将张浚入朝，共商北伐大计;另外，宋孝宗还下诏为岳飞平反，追复其原官，赦还岳飞被流放的家属。
岳飞得到平反，但当初被害后尸骨究竟去了哪里?于是，宋廷礼部公开悬赏寻找岳飞遗骨，也就是这时候，就在岳飞遇害整整20年后，狱卒隗顺的儿子才现身，公开说出了父亲临终前嘱咐的秘密，于是，宋孝宗下令将岳飞的遗骨迁葬到杭州西子湖畔的栖霞岭，这就是如今备受敬仰的宋岳鄂王墓。
想当初，如果没有狱卒隗顺的挺身而出，后世人或许也将永远无从寻找到将军岳飞的遗骨。
为了给岳飞平反，宋孝宗也顶着巨大的压力。
在给岳飞平反时，当时宋孝宗才刚刚即位一个多月，而亲手炮制岳飞冤案的宋高宗赵构仍然在世，并时不时以“太上皇”的身份“指点”朝政，但宋孝宗不为所动，坚持为英雄岳飞平反，他以政治智慧下诏说：
“故岳飞起身行伍，不逾数年，位至将相……飞虽坐事以殁，而太上皇念念不忘，今可仰承圣意，与追复原官，以礼改葬，访求其后，特予录用。”
在诏文中，宋孝宗既为岳飞平了反，又为宋高宗保留了面子，使得为岳飞的平反工作得以顺利进行。
而历经20年的苦难，这一年，岳飞的妻子李娃已经62岁，岳飞幸存的三子岳霖已经32岁，四子岳震已经27岁，五子岳霭也已23岁，在历经磨难后，这个幸存的家族，终于等来了父亲岳飞沉冤得雪的一天。
就在后来亲自召见岳飞的三子岳霖时，宋孝宗痛惜地说：
“卿家冤枉，朕悉知之，天下共知之。”
岳霖则跪拜痛哭说：
“仰蒙圣察抚念，故家臣不胜感激!”
此后，宋孝宗下诏追复岳飞少保、武胜定国军节度使、武昌郡开国公等官职、爵位，岳飞的夫人李氏则追复楚国夫人的封号，岳飞的长子岳云、次子岳雷也都追复旧职，岳飞则得到了“武穆”的谥号，意为“折冲御侮、布德执义”。
但或许是历经磨难，岳飞的后代此后与武绝缘、再未从军，而是从文发展。岳飞的三子岳霖此后一直活到了62岁(1130-1192年)，生前，他四处寻访岳飞的旧文和老部下，收集了不少岳飞在世时的资料，临死前，他嘱咐儿子岳珂要将爷爷岳飞的资料汇集成书、传扬于世，他说：
“先公之忠未显，冤未白，事实之在人耳目者，日就湮没。余初罹大祸，漂泊囚螺。及至仕途，而考于见闻，访于遗卒，掇拾而未及上，余罪也。苟能卒父志，雪尔祖之冤，吾死瞑目矣!”
最终，岳珂在父亲岳霖所收集资料的基础上，编辑而成了《鄂国金佗稡编》28卷和《续编》30卷，保留了大量爷爷岳飞生前的资料文献，从而使得后人得以更详细地了解岳飞生前的事迹。
而秦桧则在死后遭受了万世的唾骂，以致到了秦桧的曾孙秦钜时期，其整个家族都一直遭受舆论谴责。在这种舆论氛围下，南宋宁宗嘉定十年(1217年)，金兵再次南侵，当时老臣赵放提议任用颇为有才的秦桧的曾孙秦钜为将，但有大臣现场抨击说：
“秦钜是大奸臣秦桧的曾孙，其祖恶贯天下，万人唾骂，用此人，必然要贻害国家。”
对此赵放则反驳说，“秦钜虽是秦桧后人，但人各有志，不能以先人的好坏来判断后人。”
在赵放的推荐下，秦钜最终被册封为蕲州通判兼领守备事务。到了南宋宁宗嘉定十四年(1221年)，金兵南侵蕲州(今湖北蕲春)，秦钜与郡守李诚之率众抗敌，蕲州城破后，秦钜又率领残兵与金兵进行巷战，临死前，他下令部下点燃蕲州仓库，誓死不给金兵留下府库钱粮，然后秦钜在屋中点火自焚，当时，有老兵试图阻止他，秦钜训斥拒绝说：
“我为国家而死，你们自己逃生去吧!”
说完后，秦钜毅然跃入熊熊烈火，他的两个儿子秦浚与秦瀈也跟随父亲秦钜一起自焚殉国。
秦钜父子三人力抗金兵、自焚殉国的消息传开后，南宋满朝文武无不感慨万分，宋宁宗于是下诏特赠秦钜五官、秘阁修撰，并封义烈侯。
秦钜死后13年(1234年)，南宋与蒙古联合攻灭金国，但第二年(1235年)，蒙古在灭金后随即开始进攻南宋，南宋抵抗四十多年后，1276年，临安城破。到了1279年，南宋最后的抵抗力量在崖山之战中全军覆没，誓死不降的陆秀夫最终背着南宋末帝赵昺跳海自尽，而从1127年靖康之变后南迁，延续152年之久的南宋，至此才陨灭于崖山的怒海波涛之中。