元朝是一个很特殊的存在，因为它不是汉人所建立起来的政权，也没有和清朝一样，大规模的吸收借鉴汉文化，任用汉人官员，很多人都分不清楚蒙古帝国、大蒙古国和元朝这三个概念。
蒙古帝国并不是一个明确存在于历史文献中的朝代，而是西方史学家提出的一个概念，他们只是为了方便现代人做研究而已，这个名称在广义上指的是大蒙古国解体前的政权，包括了四大汗国，这一名称，某种意义上体现了欧洲人对于蒙古人的恐惧心理。
冈田英弘是一位日本学者，他对于蒙古帝国颇有研究，在其著作《蒙古帝国兴亡史》一书中，他用文明传播的角度阐释了蒙古帝国的存在意义：世界有两大文明，一位是东方中国，这个文明里有司马迁写下的《史记》，另外一个文明存在于地中海沿岸，这一文明里有希罗多德用希腊语写成的《历史》，横跨欧亚的蒙古帝国的出现，首次将中华文明和地中海文明连接在了一起，从此以后，人类的文明不再是分片区的，人类从蒙古帝国以后，才开始进入到了世界文明史的阶段。
和上一个概念不一样，它是一个确实存在于历史文献中的概念，公元1206年，成吉思汗统一了草原诸部落，将国号定位“大蒙古国”，因此1206年也被称为成吉思汗元年。当时大蒙古国的继承制度还保留了一些原始社会末期的痕迹，不是和中原王朝一样，使用嫡长子继承制，而是四大汗国派遣代表，从嫡子们选拔一位有“贤能”的人作为继承者，只有经过了这套仪式，继承人才会被大蒙古国广泛接受。虽然这个方式看起来颇有些现代民主的味道，但其实是很不值得推敲的，因为“贤能”与否，并没有一个统一的判断标准，不同的人对这一点有不同的认识，有的人认为能够带兵打仗就是贤能，有的人认为好好发展经济才是贤能，在这样的继承制度下，继承人之间产生冲突几乎是不可避免的事情。
蒙哥汗去世以后，阿不里哥和忽必烈的汗位争夺战就体现了这一点，经过残酷战争，忽必烈最终获得了继承权，但是当时的四个汗国并不认可他，忽必烈在位期间，窝阔台汗国还有察合台汗国屡次和忽必烈的军队开战，从严格意义上来说，忽必烈不算是大蒙古国的大汉，因为他没有按照传统方式被大众认可。
元朝是忽必烈建立的政权，1260年，蒙哥汗去世，同年，忽必烈登基成为大蒙古国皇帝，在他发布的继位诏书里边，他和汉人一样，自称为“朕”，并且按照中国传统方式来纪念，同年12月18日，他将国号改为大元，但正如同上文中所讲的一样，其他的汗国并不认可他，所以在他们的历史中，会把元朝记录为“忽必烈汗国”。不过元朝对中原地区的统治，只延续了一百多年，公元1368年，明朝北伐成功，元朝覆灭，但是元朝的末代皇帝元惠宗在北方地区建立了偏安小朝廷，还保留了“大元”的称号，直到公元1402年，明朝彻底消灭了这个小朝廷，“元”这一政权才不复存在了。
简单来说，蒙古帝国是现代研究者起的一个名称，大蒙古国指的是包括四大汗国在内的蒙古人政权，它是成吉思汗建立的，而元朝主要指的是忽必烈建立的政权，其主要统治区域在中国，元朝部分继承了大蒙古国。