对于建文帝的生死，史学界始终都没有明确的答案，因为他在靖难之变后下落不明。《明史•恭闵帝本纪》：“宫中火起，帝不知所终。”谷应泰在他的《明史纪事本末》中说建文帝扮成和尚从南京皇宫密道逃出。《明史》：“先未至，传言建文蹈海去，帝分遣内臣郑和数辈浮海下西洋，至是疑始释。”于是，建文帝下落之谜成为历史悬案。
建文帝到底是自焚还是出亡?这不仅是我们关心的问题，更是明成祖朱棣的心头之患。
燕王朱棣的军队攻破了首都，但是却没找到皇帝，此时宫中大火，燕王朱棣派人找到了皇帝的尸体，硬要宫中太监指认这就是皇帝的，并以天子礼葬之。
宫廷起火的事情基本可以确定，极大概率是建文帝自己干的，当然朱棣不能这么说，逼死皇帝的锅太大不能背，朱棣登位后在给朝鲜国王的诏书上这么说：“不期建文为权奸逼胁，阖宫自己焚燃。“意思就是：我本来是准备帮皇帝清除奸臣的，但是皇帝竟然被奸臣威逼胁迫了，被迫自己烧了皇宫。
朱棣的话连自己都心虚，虽然表面一定要说朱允炆死了，但是，从其事后的表现来看，可能他确实没找到朱允炆的尸体，一直有极大的疑虑。
有传闻说，建文帝流亡海外了，郑和下西洋就是为了找他的。
建文帝下落，和清代所谓“孝庄下嫁多尔衮”不一样，后者基本属于野史误传，可信度基本为零。
那建文帝他到底去哪里了呢?目前为止有如下几种说法：
一是建文帝确实被烧死了，找不到尸体是因为都烧成灰了。
二是朱棣杀了建文帝，然后故意漏出一些破绽，让大家以为他逃走了，少了一个弑君的罪名。
三是建文帝没有死了，流传最广的是他出家当和尚去了。
不过，民间本就多对建文报以同情，而明后期社会腐败黑暗，很多人就借用建文帝没死表示对现实的不满，《剑桥中国明代史》说：“建文帝传奇故事的流传，反映了人们对建文帝及其所信奉的理想的同情”。