反正在明宪宗朱见深时期，受到明宪宗朱见深的器重和信任，被提升为宦官机构中的最高领导者：司礼监掌印太监。这明宪宗朱见深是明朝历史第八位皇帝，而且还是明朝中后期难得一见的好皇帝，他的父亲是明英宗朱祁镇;朱见深继位之后颇有作为，对内是吏治清明，对外是战功赫赫，虽然后期任用过一些佞臣，但这明宪宗朱见深仍然称得上是一代明君。
而这司礼监掌印太监，素有“内相”之称，因为这司礼监乃是明朝内廷管理宦官与宫内事务的“十二监”之一，职权极大，素有“第一署”之称;司礼监有提督、掌印、秉笔、随堂等太监，虽然每一位太监的权势都极大，但其中权势最大的却是掌印太监，因为掌印太监负责完成明朝国家决策中“批红”的部分最后的审核盖印。
原本这掌印太监的权势并不大，但由于在明朝中后期时皇帝倦政，所以掌印太监的权势越来越大。在怀恩担任掌印太监时，正值汪直权势滔天之际，当时汪直掌管西厂;而且除汪直外，朝中还有一大批作恶多端的太监。但是怀恩辈分比他们高，性情又耿直，识义理，通典故，遇事常能以先朝的典故来进谏;又廉洁不贪，在宦官中威信很高;故而汪直等太监都不敢对怀恩不敬。
那这个怀恩到底都做过些什么事呢?据记载，当时曾有个叫阿九的太监，诬陷名臣刘大夏，刘大夏被捕下诏，这诏是个什么地方呢?这诏乃是明朝最臭名昭著的监狱，不管有罪没罪，进去后不死也要脱一层皮，各种冤假错案层出不穷，诏存在的意义，就是“宁可错杀一千， 不可放走一个”，所以即便刘大夏是被冤枉的，进去以后也没什么好结局，结果全靠怀恩力救，才得释出。
后来因员外郎林俊弹劾梁芳及“妖僧”继晓，惹得明宪宗大怒，将这个林俊丢进了诏，而且还想将林俊给杀了;结果仍是怀恩一再冒死力谏，就算惹得明宪宗大怒，用墨砚砸他，将他赶出去，怀恩仍然是坚持救林俊，最终还是明宪宗服软，不仅派人去给怀恩治病，而且林俊也被释放了出来。
在怀恩的一生中，诸如此类的事情还有很多，当时很多正直的官员都感激怀恩;而且更为关键的是，这怀恩在明孝宗幼年时，曾多次保护明孝宗，使得明孝宗保全了下来。所以在怀恩去世后，明孝宗为了表彰怀恩的功德，特意批准为他建造显忠祠;这显忠祠在明朝代表极高的荣誉，地位丝毫不比最上等的谥号差，一个太监能得到如此殊荣，可见怀恩在当时到底有高的威望。