在地宫里已暴尸40多天，遗体上出现了许多斑点，长了许多白毛。载泽等人见内棺尚完好，可以继续使用，于是命旗妇用一块黄绸子将慈禧太后遗体盖上，将一件黄缎褥铺在遗体一侧，然后慢慢翻转尸身，正好将遗体仰卧到黄缎褥上，只见慈禧太后面色灰白，两眼深陷无珠，颧骨高隆，嘴唇又伤痕。众人帮扶着，用如意板将慈禧太后遗体抬入棺内。如意板未撤出。遗体上盖上一件黄缎被，把从地宫里拾到的慈禧生前剪下的指甲和掉的牙用黄绸子包好，放在被上。载泽又将当年得到的慈禧遗物，一件黄缎袍、一件坎肩盖在被上，盖上棺盖，用漆封上棺口，重殓完毕。
公元1908年，清光绪三十四年，在光绪皇帝驾崩后不到二十个小时的时候，七十四岁高龄的慈禧太后也终于撒手人寰了，大清王朝历时四十七年的慈禧太后垂帘听政时代宣告结束，慈禧死后，其尸体被太监从其晚年居住的仪鸾殿抬出送往皇极殿，第二天，隆裕太后、瑜贵妃、珣贵妃、瑨妃、瑾妃等人来到皇极殿向慈禧太后遗体行礼，然后，在隆裕太后等人的注视下，慈禧太后的遗体被殓入棺内。这是慈禧太后死后第一次被入殓。宣统元年，慈禧太后的棺椁被葬入其生前精心营建的菩陀峪定东陵地宫，其棺椁从紫禁城运往清东陵的一路上，沿途百姓全部跪在路旁，送葬对于浩浩荡荡，前后蜿蜒几公里。
慈禧死后20年，即公元1928年，国民党军阀孙殿英率领其部军队闯入清东陵，在先后盗掘了康熙景陵和乾隆裕陵之后，孙殿英指使其手下盗掘了慈禧太后的陵寝，孙殿英收下的大兵不仅将慈禧地宫中所有随葬品全部掠走，还将慈禧的棺椁劈开，并将尸体拽出，慈禧太后身上的衣服被扒光，嘴也被撕开，口中含地的夜明珠被盗走，由于当时信息被封锁，守陵大臣也在事发后逃走，所以慈禧陵寝中被盗后一个多月后，逊清皇室猜得到消息，此时慈禧太后的遗体在地宫里已暴尸40多天，溥仪派载泽等人来东陵处理善后事宜，载泽等人进入地宫后见到慈禧的内棺还算完好，可以继续使用，于是命旗人妇女用一块黄绸子将慈禧太后遗体盖上，将一件黄缎褥铺在遗体一侧，然后慢慢翻转尸身，用如意板将慈禧太后遗体抬入棺内。如意板未撤出。遗体上盖上一件黄缎被，把从地宫里拾到的慈禧生前剪下的指甲和掉的牙用黄绸子包好，放在被上。载泽又将当年得到的慈禧遗物一件黄缎袍、一件坎肩盖在被上，盖上棺盖，用漆封上棺口，重殓完毕。这是慈禧太后的第二次入殓。此时清帝已经退位，赶来负责入殓的遗臣们个个垂头丧气，场面凄凉可想而知。
1979年初，清东陵文物管理所开始着手对慈禧地宫进行系统的清理，因为文管所要赶在五一国际劳动节时将慈禧地宫和慈安陵寝地面园区对游人开放，因为时间紧迫，此次清理过程中没有对慈禧的棺椁进行清理，直到1984年，在一些历史学家和文物学家的见证下，慈禧棺椁再一次被打开，此时慈禧棺椁内部的状态仍然是1928年载泽等人二次入殓时的原状。自1928年来57年没有变化，此次清理，工作人员将慈禧遗体从棺内抬出，在棺内喷洒消毒液后，将慈禧第二次入殓时放在棺内的如意板取出，又将慈禧尸体放入棺内，并将之前覆盖于慈禧尸体上的棉被及衣服盖在实体上。这就是慈禧第三次入殓，第三次入殓时保持了1928年第二次入殓时的状态。
慈禧一生享尽了荣华富贵，死后仍然想将富贵财宝带到另一个世界但是正是因为这些财宝的随葬，才让慈禧死后屡遭劫难、不得安生。