耿精忠为耿仲明之孙、耿继茂的长子，清初三大汉人藩王之一。耿家先世为山东人，被迁至辽东盖州卫。耿仲明先为毛文龙辖下参将，毛文龙为袁崇焕所杀受后降于努尔哈赤，编入汉军正黄旗。顺治初从多尔衮入关，1649年(顺治六年)封靖南王。耿仲明死后，子耿继茂袭爵。1671年耿继茂卒，耿精忠袭靖南王爵。
清朝建立伊始，曾封明末降将吴三桂为平西王，镇守云南，尚可喜为平南王、耿仲明为靖南王均镇广东，时称"三藩"。从耿继茂开始，借着"移镇"的机会，就大面积圈地建造王府。他选准了福州东南部的地面，以现在的王庄为中心，圈屋二千余间，又在邻近侵占300亩的田园，盖起王府。所圈的屋地，大间的赏银8两，中间的6两，小间的4两。田园每亩3两。居民立即驱离，不准复归。于是王府的所在地就被称为"耿王庄"，简称"王庄"。
康熙十二年(1673年)，清廷下诏撤"三藩"，导致吴三桂起兵反清。康熙十三年(1674年)三月，耿精忠在福州响应，杀福建总督范承谟(范文程之子)及幕僚50余人。并借修缮于山九仙观之机，下令改塑王天君神像，改原先的坐像为立像，改"奴才相"为踞傲不恭的形态，暗伏对清廷的反叛;又不断发展自己的藩镇势力，以封官晋爵拉拢党羽。
耿精忠反叛震惊朝廷。康熙帝一面派兵进闽，下诏削精忠爵，并收禁其在京兄弟;一面劝谕精耿忠改过自新，剿灭郑经，继续镇闽。耿精忠不予理睬，继续举兵攻陷浙江江山、平阳、金华、义乌、诸暨，深入浙东;陷江西石城，进逼宁都、赣州;一度攻陷安徽徽州、祁门，队伍扩大到10余万。
由于"三藩"之间相互矛盾，加上同台湾郑经反清势力发生猜忌，耿军军饷匮乏，士气不振，沿途暴虐，很快丧失民心，给清军得以各个击破的机会。
康熙十五年(1676年)八月，清军进取江山，破仙霞关，入福建取浦城、建宁，克延平，抵水口。十月，朝廷命大将军杰书遵诏招降耿精忠。清兵大军压境。耿精忠献出"总统将军印"，并杀范承谟以灭口，准备率水师外逃。但其亲信徐文焕已暗投清军，重兵在握，诓住精忠，不让出城。清军至洪塘进福州，耿精忠无奈，袒身露体，率文武官员出城迎降，并请仍留靖南王爵，从征剿灭郑经军，以功赎罪，朝廷恩准。耿精忠率兵挫败郑军。接着又进军潮州，打败尚之信的军队，康熙帝诏精忠驻守潮州。
耿精忠降清后尚蓄逆谋之心，被部下暗中告发。康熙十九年(1680年)，清廷以耿精忠心存异志，诏耿精忠入觐，以负恩谋反罪革去王爵，交司法审理。
康熙二十一年(1682年)正月，"三藩"之乱彻底平息，大学士明珠上奏说:"耿精忠负恩谋反，罪过大于尚之信。"于是康熙帝下诏将耿精忠及其心腹死党白显忠、徐文耀、王世瑜等凌迟处死，范承谟子范时崇分割其肉祭墓。
耿精忠为何让康熙帝对他恨之入骨，将其凌迟处死?
其一、耿精忠从小生活于靖南府，成年后娶了肃亲王豪格的女儿，被封为和硕额驸。康熙十年，耿精忠继承了靖南王的爵位，成了一方诸侯，荣华富贵也达到顶峰。此时的康熙，对内刚刚扳倒了鳌拜，走上了集权的道路，注意力也转向了吴三桂、耿精忠等地方藩王。
其二、福建各地传谶语：“七星再拜真天子，分明火从耳边起，杀尽三山牛出血，身骑白马军中止。”这意思就是说耿精忠要成为皇帝了，正好顺应了耿精忠的“皇帝梦”。于是，耿精忠就召集下属，决意反清。耿精忠自封“总统兵马大将军”，以“反清复明”为口号，设置百官，铸造铜钱“裕民通宝”，俨然成了一个小朝廷。
其三、耿精忠手下的将领徐鸿弼等人揭发耿精忠，说其“降后尚蓄逆谋”，共“五款大罪”。但吴三桂还未灭亡，康熙并未处理。康熙十七年，吴三桂去世，吴军已成强弩之末，郑经也退守厦门。等到“三藩”彻底平息，对耿精忠的旧部也安排妥当，康熙将耿精忠等人“并磔于市，悬首示众”。
总之，耿精忠身居大清高位，但对大清没有忠心到底，甚至图谋皇位，在康熙最危险的时候趁火打劫，这是其悲剧的源头。