在蜀汉政权中，诸葛亮建蜀国，兴汉业，历精图治，呕心沥血，鞠躬尽瘁，死而后已。以其智，以其情，以其义，展现了一代蜀相伟大的胸襟气魄，令天下人为之敬仰。不过作为一国的丞相，诸葛亮也有自身的缺陷。
其一，用人偏差。诸葛亮用人喜欢用自己身边的人，对于不是自己阵营的人，往往怀有敌意。最著名的便是失街亭事件。当时诸葛亮舍弃诸多名将比如魏延、赵云等人不用，而选用了自己的心腹马谡，马谡刚愎自用，拒绝听从属下王平的建议，以至街亭失守。
其二，不善于挖掘人才，俗话说：十步之泽,必有香草;十室之邑,必有忠士。益州一带在诸葛亮时代，人才基本匮乏，连诸葛亮自己也说：今天下三分，益州疲弊，此诚危急三分存亡之秋也。所谓益州疲弊，不只是益州一带经济上穷困凋弊，也是人才没有及时得到发现。蜀国后期的人才，基本上还是刘备在世的时候选拔的。
其三，诸葛亮喜欢大权独揽，他不喜欢放权，不仅仅是自己手下人，就是当时的皇帝刘禅也没有多大权力。史载刘禅在位的时候，就对诸葛亮的专权非常不满，他说：政由葛氏，祭则寡人，也就是自己不过是名义上的国家元首，至于真正说话算话的还是诸葛亮本人而已。
其四，诸葛亮太过于吃毛求疵，对所有的人太不放心，刑罚超过二十军棍的都要亲自过问。历史记载：诸葛亮在祁山想要速战速决，便遣使求战，司马懿不谈军事，问使者：“诸葛公起居何如，食可几米?”使者说：“三四升。”然后对问政事，使者说：“二十罚已上皆自省览。”经过一番不经意的询问，司马懿对人说：“诸葛孔明其能久乎”。