乾隆末年，随着社会矛盾的日益加剧，社会危机的不断加深，国内农民起义此起彼伏，其中尤其以爆发于湖北、陕西、四川、河南、甘肃五省的白莲教起义声势最为浩大。喜庆元年(公元1796)，白莲教起义爆发，清政府为了镇压起义的武装力量，耗费了大量的人力、物力，并直接导致了国库亏空，被历史学家称为大清王朝由盛转衰的转折点。
白莲教是一种秘密流传的民间宗教，南宋绍兴年间，吴郡昆山(今江苏昆山)僧人茅子元仿天台宗教理并吸取摩尼教的教义与仪式创立而成。白莲教与其他宗教不同，它杂拜各种鬼神，不管佛教、道教还是摩尼教都是其教徒的信仰对象，所以，自建教以来，就不被统治阶级所承认。白莲教宣传弥勒佛在未来会改造世界，并以教中所获得的资财悉以均分，有患相救，有难相帮。所以，在太平盛世，白莲教只能作为佛教和道教这些正统教派的补充，在下层社会中发挥佛教和道教所起不到的作用。每当天灾人祸或者社会动乱之际，白莲教就会卷土重来，与佛教和道教的思想相悖，成为农民暴动的战斗旗帜。所以，自白莲教创建以来的几百年间，始终不被视为正统宗教，而是被作为异教进行排斥。
在雍正之前，我国一直实行的是按人头征收田赋的政策，也就是说，不管农民手中有没有土地，都必须按照人头给国家交纳田赋。随着农民人口的增长，但手中却没有土地，还要承担繁重的人头税，这就导致了流民增加，直接影响国家的税收，威胁社会的稳定。为了改变这种现状，雍正元年，清政府正式实施了“摊丁入亩”政策，将丁银摊入地亩，实际上就是废除了人头税，开始了按土地的单一标准征收税款，也就是说，只有拥有土地的人才向国家交纳赋税。
与此同时，随着玉米、土豆、红薯的传入中国，使得粮食产量获得了极大的增长，直接导致中国人口的爆炸性增长，从乾隆六年(公元1740年)人口突破1亿直到到乾隆五十七年(公元1790年)突破了3亿，奠定了中国人口大国的基础。随着社会经济的发展，农民手中仅存的那些土地又不断被封建地主所兼并，数以万计的劳动人民只能向地主租土地佃维持生计，形成了巨大的贫富差距。
广大劳动人民遭受着经济上的剥削和政治上的高压，加上连年的天灾人祸，更陷入了水深火热之中，湖北、四川等地民众不堪忍受，揭竿而起，高举“官逼民反”的大旗，在巴山、南山老林中一呼百应，应者云集，轰轰烈烈的白莲教起义爆发了。
为了镇压白莲教起义军，清政府先后从全国16个省抽调了大批兵力，在四川、陕西、湖北、甘肃、河南五省作战长达九年之久，比康熙执政时期的三藩之乱还要长久。白莲教起义军击毙清军提督、总兵等军官四百多名。而清政府为此耗费军资达2亿多两白银，与当时清政府四年的全部财政收入不相上下。
虽然，白莲教起义最终还是失败了，但是，大清王朝从此一蹶不振，走向了衰败，为鸦片战争的失败埋下了伏笔。