神秘的巴人早在公元前十几世纪就有可以与中原强大的商王朝相姻美的青铜文明。巴人起源于湖北清江下游长阳的钟离山。巴人为夺取盐业资源曾与以“盐水神女”为代表的某个母系氏族展开争战，并赢得了战争。巴人领袖在清江边(夷水)建筑夷城，建立了巴王国。
巴人以虎为图腾，好鬼神，实行祖先崇拜，糜君则是他们最伟大的祖先。在以后的历史中，巴国的军队加了周武王伐封的联盟军，成为前锋部队，他们为武王伐封立下了汗马刻画符号，这种符号包括动物的、植物的、人物的奇特造像和古怪印痕。
这究竞是发源于巴人原始的艺术灵性，还是大自然神秘莫测的烙印?是装饰品还是占星术?至今仍是一个难以破译的悬念。
另一个未解之谜是巴人为何突然失踪，十数万巴人在历史中毫无音讯。无数人苦苦迟寻答案，试图揭开谜底，但都难得其解。
有人说，巴国被秦军灭后，其人口也被全部坑杀，这种说法也许更多是基于秦军的残暴和坑杀赵军40万之说上的猜测。
有人说，巴国人在灭国后，除死伤外都大规模迁移了。最近陕西商洛地区考古专家在探寻商洛900多个神秘洞窟起源时，出土的一些文物与三峡地区出土的巴人文物几乎如出一辙，其扮具上的符号也惊人的一致。于是人们产生了一个大胆的猜想：一度失踪的巴人是否为躲避战乱而隐居起来?
还有一种说法是巴人并没有失踪，没有离开本土，巴人就是现在土家族的祖先。持这一观点的人认为：后来史料上没有提及巴人，是因为他们不再称呼自己的国家为巴国，自然不再称为巴人了。而且研究发现，土家族的生活方式、习俗与遥远的巴人很相似。但这种说法也没有得到公认。
今天，沉积于地下的古代巴文化，经多起考古的重大发现揭示出来了。武陵山区峡江地域大规模盐矿的发现，揭开了古代巴国文明之谜。
古代巴人和现代土家族人DNA求证的成功，使失落了两千多年的巴人、巴文化再现人间。沉积于武陵山区土著人的巴文化，在民族研究中获得充分揭示。巴文化的主要特征是：尚武、崇巫、善歌舞、虎图腾、船棺葬。
最大的可能是秦灭巴后，巴文化重心向武陵山区腹地转移，主要在良好的巴文化作用下，在特殊环境中滋生了特殊的桃花源文化。武陵山区是我国罕有的内陆文化沉积带，土家族是我国的历史冰箱。
古代巫咸国、巫载国的原始文明是巴文明。巴蜀文化是我国古代长江流域的主流文化。桃花源文化的内部动力主要是巴文化。