崇祯在内外交困之时，他何尝不想效法晋元、宋高，赶在大顺军兵临城下以前脱身南逃，依托半壁江山苟延残喘。
早在这年正月，朱由检就秘密地多次召见主张“南迁图存”的左中允李明睿。他四顾无人之后才向李明睿推心置腹地说:“朕有此志久矣，无人赞物，故迟至今。汝意与朕合。朕志决矣。诸臣不从，奈何?尔且密之。”接着，他同李明睿具体商量了南迁的路线、护卫、饷银和留守事宜。
二月间，形势急转直下，代帝亲征的李建泰束手无策，派人飞章上奏说:“贼势大不可敌矣。愿奉皇太子南去。”南迁的问题逐渐由窃窃私议而公开形之于奏章然而，连这样一件并不难扶择的事情，也因为朝廷内部的纷争而搁浅了。
按崇祯皇帝的本意是自己逃往南方，但一要大臣勘赞，二要顾全面子。李明容在奏疏里故意把南逃美其名曰“亲征”，就是摸准了朱由检的这种心理。
可是，大学士们唯恐皇帝南迁时留下自己辅佐太子居守，变成替死鬼;即便随驾南迁，一旦京师失守，也说不定由于自己曾经主张南迁而替人受过。于是一个个唯唯诺诺，不置可否，即所谓“帝欲大臣一言主之。大臣畏帝不敢言，虑驾行属其留守，或驾行后京师不能守，帝必罪主之者。遂无人决策。”特别是一部分廷臣如左都御史李邦华，竟然主张“皇上自然守社稷”，而让太子朱慈烺到南京去监国，同时分封定王和永王。这是完全不符合朱由检心意的。
因为如果实行这个办法，朱由检自己仍然逃不了命，即便有如天之福，勤王兵及时赶到，守住了京师，太子监国南京，说不定会重演唐肃宗灵武登基的旧戏。
大唐天宝十五载(756)七月九日，太子李亨在杜鸿渐等人的陪同下，抵达朔方军大本营灵武。经过一番布置与筹划，七月十二日，李亨在灵武城的南门城楼，举行了简单的登基仪式。登基后，改年号为至德，并且将当年改为至德元载，史称唐肃宗。唐玄宗被推尊为太上皇。
所以，崇祯愤愤不平地说:“朕经营天下十几年尚不能济，哥儿们孩子家做得甚事?先生早讲战守之策，此外不必再言。”在一片混乱当中，给事中光时享又跑出来参了一本,指责“李明睿南迁为邪说”。朱由检气急败坏地当面斥责道:“一样邪说，却只参李明睿何也?显是朋党，姑且不究。”南迁之议就在这样一片纷争当中拖延了下来。
等到起义军逼近北京的时候，朱由检得到情报说，大顺军除了由大同、宣化方面来的主力以外，还有刘芳亮等统率的部队沿黄河北岸进军从南面包抄北京，往南逃跑的可能性也很小了。只有在内心追悔之余，发出“朕不能守社稷，可殉社稷”的哀鸣，准备同他所代表的明王朝一道葬身于农民起义的火海。