建文四年(1402)六月，燕军攻入南京城，朱棣面对不肯降服于自己的建文旧臣进行了血腥屠杀。方孝孺之死尤为惨烈。方孝孺是宁海人，其父亲方克勤死于空印案，他自幼好学，被乡亲们称为“小韩子(韩愈)”，长大后他师从于学者宋濂，他通经史，善诗文，生性耿直，被称作“正学先生”。蜀王朱椿曾经聘请他为世子的老师，方孝孺当时是名满天下的大儒。
在朱棣离开北平时，他的主要谋臣道衍和尚曾经秘密请求，希望朱棣能保全方孝孺，如果杀了他，就绝了天下读书种子。事实上，道衍是担心杀了方孝孺，会引起读书人对朱棣的巨大反感。当时朱棣答应了道衍。
方孝孺名扬天下，朱棣最初也相当敬重他，尽管靖难之役中，朱允炆曾经听从方孝孺建议，在朱棣和朱高炽父子之间实施反间计，险些酿成朱棣父子反目。但是朱棣在打下南京后，决定不计前嫌，希望方孝孺归顺自己。
朱棣命人将方孝孺带上大殿，方孝孺身穿丧服，一进来就大哭不止。朱棣安慰道:“先生不要悲伤，朕本来要效法周公辅佐成王的。”方孝孺问:“成王(指的是朱允炆)在哪里?”朱棣说他已经自焚。
方孝孺逼问:“为何不立成王之子为帝?”朱棣回答国赖长君。方孝孺反问为何不立朱允炆的弟弟?
面对伶牙俐齿的方孝孺，朱棣这下实在无言以对。他只好以这是皇室家事相推脱。他又请方孝孺起草自己的即位诏书，方孝孺将笔扔在地上，边骂边哭:“要杀就杀，绝不起草诏书。”
朱棣终于被激怒，他说:“你自己不怕死，难道不管你的九族吗?”
方孝孺厉声回答:“即使灭十族，我也不怕!”说完，他又捡起笔，在纸上写下大大的一个“篡”字!
这个字犹如一根钢针狠狠刺痛了朱棣的内心，他暴怒了，命人用刀将方孝孺的嘴一直割到两耳。然后下令将方孝孺诛灭九族，加上朋友门生，共计八百七十三人。
方孝孺深受儒学“忠臣不事二主”观念的影响，对历史发展来说，他的死并没有太多的价值。靖难之争本就是皇帝家事，胜败并不具有改朝换代意义。
不过，朱棣的做法也确实过于残忍，这才使得后人对方孝孺给予深深的同情与赞扬。
除了方孝孺之外，尚有齐泰、铁铉、黄子澄、陈迪、练子宁等人惨死，其家族被诛杀多人。而御史大夫景清为了给同僚们报仇，最初假装降服朱棣，上朝时候他身怀利刃，打算行刺朱棣。事情败露，景清被凌迟，九族被诛灭，他祖先的坟茔被挖掘，而且朱棣还派人到他老家捉拿跟他有瓜葛的人，被称作“瓜葛抄”。
可以说，对建文旧臣的屠杀是朱棣政治生涯中挥之不去的污点。对当时的士风也产生了一定的恶劣影响。