我国自封建时代初期，宫廷即设置有医药机构。秦汉时置太医令，隋唐有太医署，宋改为太医局，金代始改称太医院，置提点为长官，明清相沿。清太医院归礼部领导，是“掌医之政令，率其属以供医事”的独立机构，除选拔人员要通过礼部外，平时则独立行使行政业务清太医院设长官1名，称为院使，副长官2名，称左右院判，下设御医10~15人、吏目10~30人，医士20~40人，恩粮医生20~30人，切造医生(负贵药物)20~30人。这种编制清代各朝虽有增减，但总的体制一直没有变化。院使为五品官，御医均授七品官、准用六品冠带。
清太医院原址设在紫禁城内东墙(东华门内往北)，民国初年迁至地安门外东大街路北。
清初，太医院分设11科，即：大方脉、小方脉、伤寒科、妇人科，疮疡科、针灸科、眼料、口齿科、咽喉科、正骨科、痘修科。后来，将痘疹科并入小方脉，将疮痛科并入口齿科。乾隆年间，太医院掌9科。清中叶以后，又将伤寒料、妇人科并入大方脉，疮疡科改为外科，撤销针灸及正骨两科，所以，光绪《会典》中记载，太医院设5科：大方脉、小方脉、外科、眼科、口齿料。
太医院自院使到医土都要按自己的业和等级“给事内廷”(到内宫服务)，轮流值班。值班分内值和外值。内值在各宫内的外班房值班，又称宫值;外值在东药房值班，又称六值。
凡宫中传唤太医院侍直(值班)的医官入大内(皇宫)看病，都要由御药房太监带領，诊治皇帝疾病开出处方后，必须与太监一起在御药房合药，并将药方联名封存，然后具本报告处方中所列药物的药性和治疗大法，医官和太监在月日(日期)下署名，再进呈皇帝阅览。奏本(报告)后，将本章登记入册，由太监收掌，以凭稽考。
煎调御药时，太医院医官和御药房太监一同监视，以两服药合为一服，煎好后分别倒入两支杯子中，一杯由主治医官先尝，再由院判、太监依次饮尝，然后将另一杯进呈皇帝服用。如果配制药品时，不依照原方及未开明药味和份量，或虽开具而有漏错，则将以“大不敬”论罪。
清太医院的御医，除礼部直接调聘外，很多是由各地保举的。他们不仅都具备深厚的中医理论和有着丰富的临床经验，而且都具有良好的文学修养，在辨证施治中，理法井然，方药稳妥，尤对慢性病理更是考虑周详。没有真才实学的人地方官根本不敢向皇帝推荐。加之宫廷用药，其丰富精良，民间无法企及。因此，太医院的医学成就和医疗水平，可以说代表了当时国家的最高医学水平。
为了培养宫廷医务人员和造就中医人才，清代太医院内还设教习厅进行医药教育，教习厅分设“内教习”和“外教习”两种。“内教习”是教育太医院供职的医生，对其中有培养前途的，给予再教育。“外教习”是教育和培养太医院医官子弟或普通平民学医者。教习厅教官均由太医院中选派学识素著的医官担任，普通平民入学，规定由同乡的京官具结推荐呈报太医院再取得太医院医官的保结，同时经院使院判考试，认为其学医可造就者，准其在院等候，顺序递补。这些学员经过重重考核，确系“通晓医理，身无过犯“者，才可进入“外教习厅”学习。学习期间供食宿，学习科目为雍正初年定有张景岳《类经注释》、李明珍《本草纲目》和张仲景《伤寒论》，每3年由礼部堂官到院内主持考试，被录取后为医生。晚清政府政务虽已松驰，但对医官的教育和考查还是十分认真。