崇祯十四年(1641年)春，为挽救辽东危局，明廷遣洪承畴率宣府总兵杨国柱、大同总兵王朴、密云总兵唐通、蓟州总兵白广恩、玉田总兵曹变蛟、山海关总兵马科、前屯卫总兵王廷臣、宁远总兵吴三桂等所谓八总兵兵马，领精锐十三万、马四万来援，集结宁远，与清兵会战。三月，皇太极发大兵采取长期围困锦州的方针，势在必克。洪承畴主张徐徐逼近锦州，步步立营，且战且守，勿轻浪战。但兵部尚书陈新甲促战，在崇祯皇帝也希望持重的情况下，采取了速战速决的方针。八月，皇太极得知明援兵已到，便亲率大军从盛京赶来赴援，驻扎在松山、杏山之间，部署在明军的南面，济尔哈朗军攻锦州外城，截断松、杏间明军的联系，切断明军粮道，断绝洪承畴归路。洪承畴主张决一死战，而各部总兵官主张南撤，最后集议背山突围。最后十数万人土崩瓦解。
崇祯十五年(1642年)一月，洪承畴听说朝廷援军赶到，又派6000人马出城夜袭，被清军战败。松山一直被围困了半年之久，城中粮食殆尽，松山副将夏承德叩请清军，愿拿儿子夏舒做人质约降。三月，清军应邀夜攻，松山城破，洪承畴、巡抚邱民仰被俘，总兵曹变蛟等将领被杀。洪承畴被俘后，锦州守将祖大寿，便走出内城，率众出降。塔山、杏山也相继落入清军之手，明军的锦宁防线，实际上已不复存在。
洪承畴绝食数日，拒不肯降。皇太极派所有能动用的人前去劝降，均被大骂而回。皇太极仍不放弃，特命最受宠信的吏部尚书范文程前去劝降，看他是否果有宁死不屈的决心。范文程至，洪承畴则大肆咆哮，而范文程百般忍耐，不提招降之事，与他谈古论今，同时悄悄地察言观色。谈话之间，梁上落下来一块灰尘，掉在洪承畴的衣服上。洪承畴一面说话，一面“屡拂拭之”。范文程不动声色，告辞出来，回奏太宗：“承畴不死矣。承畴对敝袍犹爱惜若此，况其身耶?”皇太极接受了范文程、张存仁等的专业意见，对洪承畴备加关照，恩遇礼厚。隔日(五月四日)，皇太极亲临太庙，洪承畴立而不跪。皇太极问寒问暖，见洪承畴衣服单薄，当即脱下自己身上貂裘，披在洪承畴的身上。
关于洪承畴降清一事，民间还传有另一个版本故事。
这段故事在清代官修正史中失载，在其他史料和民间则流传甚广，甚至不乏国内外重量级史学著作亦予以采信。其中众说纷纭，对一部分人来说，这是一段发生在美女与英雄之间的佳话，足够脍炙人口。对于另一部分人来说，则是荒诞不经的传说，似乎亵渎了他们心目中那位圣洁的皇太后。
据说，皇太极为了拿下洪承畴，绞尽脑汁想办法。最后，将熟悉洪承畴的人找来，询问洪承畴的为人有什么特点?回答说：好色。于是，皇太极挑选了几位美貌侍女前去诱惑，结果依然碰了壁。最后庄妃看到皇太极为此愁眉不展，便主动提出愿意去做劝降工作，就有了下面这个流传得极为广泛的故事。
据说，庄妃身穿侍婢丫鬟的服饰，来到囚禁洪承畴的三官庙。当时，洪承畴面对墙壁，一个人坐在那里默默流泪，对她不理不睬。她告诉洪承畴，不忍看到一个英雄忍受绝食的折磨而痛苦地死去，因此，自己给他带来了毒药，使他可以迅速解除痛苦。然后，将被说成是毒药的人参汤喂到洪承畴嘴里，并百般劝导。最后，当洪承畴知道这位聪慧美貌的女子，竟然是大清帝国皇帝皇太极的妃子时， “始叩头请降”。随后，皇太极来到洪承畴的囚室，脱下自己穿着的貂皮大衣披到洪承畴身上，徐徐曰：“先生不会冷了吧?”洪承畴瞠目视之良久，叹曰：“真命世之主也。”遂翻身下跪。
关于这段故事，历来众说纷纭。有的人认为，庄妃在三官庙中前后逗留了几天几夜，方才说服洪承畴投降;有人则认为庄妃是在一天夜之间解决了问题。
洪承畴降清后，清太宗命隶镶黄旗汉军，表面上对他恩礼有加，实际上并未放松对他的防范，使其在家，不得任意出入。终皇太极一朝，除咨询外，也没有任以官职。