史书评价慈安“素性贞娴”，她也当得起这种赞美，因为她不仅拥有超强的管理水平，可以卓有成效地处理后宫与前朝的复杂关系，还能固守正道。为避英法侵略军的锋芒，咸丰逃往热河避暑山庄，备感忧虑烦闷，常拿太监、宫女出气。慈安一面表示理解，不时宽慰咸丰;一面设法安抚那些无辜受难的奴仆。
咸丰素来倜傥风流，让他专情于哪个女人几乎不可能，唯独慈安是个例外，直到咸丰去世，她都荣宠不衰。咸丰心机深沉，对心腹大臣诸多猜忌，却在弥留之际授予慈安一道密旨，给她临机处置任何人的权力，包括恃子不法的慈禧;并给她一方“御赏”大印，八个顾命大臣所发的任何政令，必须同时盖上此印和皇长子载淳所持的“同道堂”大印才算有效。
咸丰死后，八大臣的专擅和傲慢让两宫太后极度不满，对权力和政治没什么兴趣的慈安必须“站队”。最终她选择了同治，也就是选择了以慈禧、奕䜣为代表的政治集团，“顾命大臣”集团则灰飞烟灭。
慈禧有点本事，又有强烈的政治欲望，虽然起初并不十分在行，但很快进入角色。慈安索性放手让她理政，乐得轻松自在。但这并不意味着慈禧可以任意妄为，朝政大事最终还是要靠慈安拍板。在这段时期，两宫太后的关系还算和谐，配合也算默契——慈安德高望重，拥有无与伦比的凝聚力、感召力;慈禧则优于才干，大小政务都能从容处置。在她们的联手努力下，朝中贤臣名将倍出，内外相安，使同治年间出现“中兴之象”。
总管太监安德海机巧过人，是慈禧的亲信，连同治也惧他三分。因此他有恃无恐，竟大张旗鼓地娶徽班美人马赛花为妻，一时舆论哗然。对此，慈安睁一只眼、闭一只眼，从未有过半点表示，但不代表她没想法。同治八年(1869年)，安德海借到江南置办龙衣之机，向沿途官员大肆索要财物，甚至召训他们，将“太监不得出宫”的铁律忘得一干二净。山东巡抚丁宝桢怒而上奏，慈禧有意袒护，但慈安毫不犹豫地下令斩杀安德海。
垂帘听政是特殊情况下的救急之举，此时维持内部团结、施政不出大的纰漏尤为重要，26岁的慈安清醒地意识到了这点。于是她下令关闭其余宫门，请慈禧与她同居养心殿，共同抚养6岁的同治，这让慈禧既高兴又意外。此举破坏了宫中规矩，她的抚养权也被分出一半，与同治的感情培养更有难度，对她显然不利，但她大度地说：“我们两个寡妇抚养幼子，倘若有奸人搬弄是非、挑拨离间，恐会惹来大祸;如今我们共处一所、朝夕相见，遇事能开诚布公地商讨，奸人就没可乘之机了。”
抚养同治的过程中，慈安比慈禧更尽心，所以同治也对她更尊敬、更亲近。在为同治选后的问题上，慈安与慈禧产生了分歧，慈安既没随声附和，也没武断专行，而是将选择权交给同治。结果同治选了慈安中意的人选，慈禧只能认输。
后来，吏部主事认为同治婚后应单独居住，两宫太后也从此分居。不久，四十多岁的慈安暴病而亡，众臣疑窦丛生，流言沸沸扬扬。慈安去世对朝廷是个沉重的打击，后来的戊戌之变，也是因光绪与慈禧分地而居、交流渐稀，彼此嫌怨日重、互不信任，以致酿成血案。慈安早就能看到这一步，着实深具政治眼光。