咸丰驾崩前，任命肃顺等八人为顾命大臣，襄赞一切政务，同时规定八大臣草拟的诏书，必须于首尾分别盖由两宫太后掌管的印章，否则无效。这固然可以防止顾命大臣谋取最高权力，但他们与两宫的矛盾也就此产生。1861年十月初六，慈禧伙同恭亲王发动辛酉政变，除掉了肃顺等人。
不过，在当时，剥夺肃顺的职务、砍下他的人头，绝不只是慈禧一个人的意愿，而是官场和八旗内部的主流“民意”，正是这种“民意”壮了当时羽翼未丰的慈禧的胆子。
在恭亲王奔赴热河，与慈禧、慈安密谋政变事宜时，体仁阁大学士周祖培等一批京师重臣就很不安分了。周祖培授意自己的门生、山东道监察御史于八月初五上了一道奏折，希望两宫太后垂帘听政、近支亲王辅政，实际上就是要肃顺等人赶快滚蛋。八月十四，钦差大臣、督办皖豫征捻事宜的瓜尔佳·胜保不顾前方战事吃紧，带着人马赶往热河，表面理由是给咸丰帝奔丧、向两宫太后请安，实际上是向肃顺等人示威，告诉他们，自己手握军权必会坚决拥护两宫太后。
大臣们对肃顺等人看不惯，底层的满族人也不喜欢肃顺。肃顺行刑时，京师人士交口称快，一些跟他有仇的人还驾车载酒去法场观看。肃顺坐的是无帷小车，车过骡马市大街，围观者纷纷痛骂他，有的人甚至将瓦砾、泥土掷到他身上。
肃顺成为官僚和满族人的眼中钉，自然跟他在官场的硬气有关。做户部满族尚书时，他发现户部官员贪污舞弊成风，“亏至数千万两以上”，便层层追究，结果是户部员司及商户被抄家者数十人，连户部汉族尚书也受到降五级的处分。咸丰十年(1860年)，柏葰涉及科场弊案被查办，咸丰考虑到其身居高位，又是蒙古族大臣，平时对自己的马屁也还拍得可以，想给一个轻点的处分，肃顺却不同意，天天陈说放纵科场作弊的危害，柏葰最后被判处死刑。
晚清官场充满苟且之风，事事讲人情看背景，肃顺却重规矩。某年他监考时，一湖北考生带坊间副本起草，实无他物，肃顺却以夹带违禁物品论处;传旨戊初撤卷，时间一到，哪怕只是剩一行字也不准再写。肃顺掌户部时，常对汉族高官周祖培轻易给庸碌官员拨付银两提出批评，将其意见推翻。
清代宗室多半排挤汉族人，怕汉人生逆反之心，肃顺却最看不起满族人的碌碌无为，曾上奏建议降低八旗薪俸，主张重用汉臣，还曾对人说：“咱们旗人混蛋多，懂什么啊?汉人是得罪不得的!”他与许多汉官是好友，其子也拜汉人为师。咸丰十年，苏州、常州被太平军攻占，咸丰想调湖北巡抚胡林翼做两江总督，肃顺则劝谏说：“胡林翼在湖北措注(“处置”之意)尽善，未可挪动，不如用曾国藩督两江，则上下游俱得人矣。”咸丰听从了他的意见，曾国藩和胡林翼遥相呼应，果然给太平军以致命打击。
肃顺不是英雄模范，他没有像左宗棠一样收复新疆，也没有像曾国藩、张之洞一样试图通过“洋务运动”将一个国家带入近代化。他甚至力主排外，见了洋人就想劈人家一个嘴巴。但在内政方面，肃顺算得上是一个有见识、有才干的人。道光年间，他的官运平平，咸丰年间才逐渐升为御前侍卫、理藩院尚书直至户部尚书，成为国家的“财神爷”。然而，在高度专制的政权下，贪官、庸官数不胜数，他们不想做事，却又时时希望获得不道德的个人利益，一些下层旗民也习惯于享受特权。肃顺铁腕反腐，希冀通过朝廷的政策逼迫那些懒散惯了的旗人自食其力，自然会使人反感，他也因此成为官场和八旗内部的“公敌”。
慈禧杀掉肃顺，实行个人专权，居然可以得到“民意”的支持，这是非常搞笑的事。有时，所谓“民意”其实是有范围之分的，官场的“民意”不等于民间的“民意”，小圈子里的“民意”不等于全国的民意。如果当时清国民众能够就肃顺的生死进行全民公决，也许肃顺会是另一种命运。