1856年，太平天国发生内讧，东王杨秀清、北王韦昌辉先后死于内乱，翼王石达开被迫出走，另有约两万人丧生，史称“天京事变”，太平天国也因此由盛而衰。然而，鲜为人知的是，从太平天国的创立到这次天京事变的爆发，会党一直扮演着重要的角色。
1843年，四次乡试均以落选告终的洪秀全决心抛开孔孟之学，宣传他所理解的基督教教义，并取名“拜上帝教”。次年，洪秀全来到人生地不熟的广西一带传教，结果这种不伦不类的拜上帝教根本没有什么信众。正当洪秀全沮丧之时，在他人的引见下，他拜会了当地有名的“三合会”(清代洪门天地会的一个分支，以反清复明为宗旨，势力主要集中在粤东、闽、桂、湘等地)大首领洪大全。
洪大全在三合会内部威望很高。另外，三合会还有一个颇有影响力的人物—石达开。石达开出身广西一家富户，家资颇丰，他本人是读书人，因为仗义行事，被会众们称为“卢俊义”。洪秀全、杨秀清等人在广西一带正是因为拜上帝教徒不能发展于中等社会，而下层社会又被三合会所把持，所以才希望与三合会大佬洪大全、石达开等相结合，共谋发展。
出于同是反清的目的，又是同姓本家，洪大全同意与洪秀全等结盟，并与其结为兄弟。可是，三合会信奉的是关公，崇拜偶像;而洪秀全的拜上帝教信奉耶稣，反对偶像，所以两派根本就是水火不容。尽管如此，洪秀全还是凭借三合会的影响和势力，发展了不少教徒，拜上帝教的势力也越来越大。三合会的会众多是下层社会的贫苦人，没有受过什么教育，相对而言，拜上帝教的教徒知识水平高一些，所以时间一长，两派矛盾日益加深。只是洪秀全、杨秀清敬畏洪大全、石达开等人，所以拜上帝教才不敢喧宾夺主。
1851年，洪秀全组织发动了金田起义，并自称天王，正式扯起了“太平天国”的大旗。而暗中操作和主持这次起义的，正是三合会和拜上帝教两派的会众。起义后，洪大全被封为天德王，位在东、西、南、北四王之上。
此后，太平天国内部一直分为两派：广东派宗拜上帝教，广西派则是三合会;拜上帝教以东王杨秀清为领袖，而三合会以天德王洪大全为领袖。洪大全和杨秀清都是足智多谋且众望所归之人，但洪大全的名望要高出杨秀清，杨秀清为此十分忌恨，但又畏惧三合会的势力，只好找机会间接除掉洪大全。1852年，太平军围攻湖南长沙，杨秀清设计置洪大全于险地，最后洪大全被清兵凌迟处死。
太平天国定都南京以后，杨秀清独揽大权，经常以教义为名支配三合会的会众，甚至因小事杖打北王韦昌辉，几至不能起。韦昌辉、石达开等人都是洪门会党，对东王积怨已久。1856年6月，太平军攻破清军江南大营后，杨秀清见太平天国形势大好，便假装“天父下凡”，逼迫洪秀全封他为“万岁”。韦昌辉趁机以杨秀清“有不臣之心，自称万岁”为名，突袭东王府，将杨秀清及其家人连同东王部属全部杀掉。不久，洪秀全又以滥杀为名，将韦昌辉处死。石达开知事无可为，便另图事业，率领三合会的将士出走。
太平天国由此转衰，之后仅仅过了八年，湘军就攻陷了天京(今江苏南京)，轰轰烈烈的太平天国运动终于宣告彻底失败。