唐僖宗躲进四川之后，黄巢的军队就开进了长安，并且建立了新的政权，国号大齐，年号金统。在农民军沉醉在胜利中时，唐僖宗才得以组织力量进行反扑。巴蜀之地向来富庶，再加上义武镇节度使王处存、河中节度使王重荣等积极组织，各地藩镇为了借机向朝廷表明忠心，以赢得平反后的封赐，也很卖力地出兵。在各种势力的联合绞杀下，黄巢起义军内部也开始分化。当时黄巢派驻同州重镇的防御使朱温在中和二年(882)九月投降，僖宗大喜过望，认为是“天赐我也”，就大大嘉奖了朱温，甚至赐名“朱全忠”。但唐僖宗没有想到的是，唐朝的江山社稷最终就是被这个朱全忠夺了去。
在官兵的威逼利诱下，农民军渐渐失利，不得不退出长安。起义军首领黄巢也不得不含恨自杀。轰轰烈烈的黄巢起义就此画上了一个句号，但是它带给唐王朝的震荡却是惊人的。镇压起义之后，那些拥兵自重的藩镇节度使势力进一步膨胀，唐王朝的统治更加无力。
光启元年(885)正月，唐僖宗终于得以返回魂牵梦绕的长安。但是，还没等他喘口气，宫中又发生了新的政变。这次动乱是拜“阿父”所赐。因为田令孜企图从河中节度使王重荣手中夺得池盐之利，王重荣自然不愿意，田令孜一气之下便联合邠宁节度使朱玫和凤翔节度使李昌符向王重荣开战。但是没想到，王重荣也请来了援兵李克用，一起打败了朱玫和李昌符，并且兵逼长安，形势紧张。这时候田令孜手下的神策军根本无力抵抗，不得已之下，他只有再度携唐僖宗出逃，这次是逃往凤翔(陕西宝鸡)。
本来想挟天子以令天下的朱玫虽然没有抓住唐僖宗，却抓住了因病没有跑掉的襄王李，于是就将他立为傀儡皇帝，并改元“建贞”。所以年纪轻轻的唐僖宗就被尊为了“太上元皇圣帝”。
这一闹剧当然没有上演太久，唐僖宗以正统为口号，利用藩镇之间利益不均引起的矛盾，重新利用王重荣和李克用打败了朱玫，夺得了长安。不过这一战下来，长安城里横尸遍野，官兵所到之处大肆抢掠，民生更加凋敝。
光启四年(888)二月，疲病不堪的唐僖宗终于回到了长安。他的一生从十二岁登基以来，一直在惊魂不安中度过，几次被逼得离宫逃难，颠沛流离，最终在同年三月三日暴病而死，年仅二十七岁。