司马奕，是晋成帝的儿子，晋哀帝的弟弟。哀帝去世之后，崇德太后命司马奕继位大宝，他的年号是太和，在位仅六年。在他在位期间，称霸北地的胡人政权和避居江东的东晋政权内部和之间都发生了剧烈变化。先说北地，对东晋威胁比较大的，主要存在苻坚的前秦政权，中心是陕西的长安等地，还有鲜卑慕容氏创立的前燕政权，地盘中心主要是洛阳、安阳、许昌等地。然而，在太和年间，苻坚的部将王猛攻克邺城，生擒了前燕皇帝慕容暐，“尽有其地”。也就是说，前秦国的实力大涨，把前燕的有生势力消灭了，国土也占领了。东晋的北部威胁变得单一起来，前秦和前燕原本还经常打仗，对东晋也是个缓冲，这下前秦可以彻底腾出手来收拾东晋王朝了。可以说，东晋的外部威胁加剧了。内部情况也在悄然变化，前朝明公褚裒、殷浩、郗昙等凋零殆尽，宗室中稍有名望的是丞相会稽王司马昱、武陵王、新蔡王，其中惟有司马昱可称国之柱石，但也惟有拱默守道，不能决胜疆场、雄于当时。显然了，几朝老臣、沙场宿将、多次北伐建功的桓温成了国家的顶梁柱，又加上当时北部威胁更趋严重，桓温的权威自然日盛一日。
不出意外，政变就这样发生了。桓温率大军自广陵屯于京畿白石，逼宫政变，诬陷皇帝。因为司马奕一向按规矩办事，没啥不君的行径，桓温怕直接废立遭到时人非议，就想出一个毒计，用谁也说不清楚的宫闱秘事来诬陷皇帝。
桓温对朝臣和太后诬陷说，皇帝在藩邸之时就有个老毛病——痿疾。当时他左右近臣，大约是优伶之类的，相龙、计好、朱灵宝等人，还经常在皇帝内寝侍候。而皇帝的两位美人田氏和孟氏却生了三个男孩，在当时就有宫闱秘事传出，遭到时人非议。
我估计司马奕看到桓温编的这个理由，估计得糟心吐了，司马迁说过什么：“最下腐刑极矣。”对于文人士大夫如此，对于一个三宫六院七十二妃，掌握天下亿兆臣民的皇帝，痿疾是个多么大的耻辱。或许，司马奕宁可直接被废为庶人，也不愿遭受这样的侮辱。可怜这个皇帝，不光玉玺绶带被收走了，从宫殿的西堂走出，穿的都是白色单衣，乘着牛车出宫门而去，全无当日帝王气象，连在一旁拜辞的群臣都唏嘘流涕。
起初，司马奕也常常担心会被大权在握的桓温废黜，曾经召见术人扈谦以龟策卜筮之，卦象显示：“晋室有磐石之固，陛下有出宫之象。”桓温最后还是成功了，崇德太后被时势所迫，不得不答应让皇帝逊位，另立了司马昱为帝。司马奕就这样先后被贬降为海西县公。
虽已被贬，但桓温还不消停，虽没有杀害司马奕，但早就派好自己的心腹，当地地方官日日监察回报。司马奕虽无皇帝的命了，但却有自保和长寿的觉悟。
咸安二年十一月，有个妖人术士姓卢，想要挟持司马奕作乱，派了自己的弟子殿中监许龙在某天一大早到司马奕的门前，扬言说：“我是在朝内做官的殿中监许龙，奉太后密旨，特来迎接海西公回朝，光复帝位。”司马奕一听，还挺心动，就要随之而去，幸好保母在一旁劝阻了他，说这其中可能有诈，殿下要三思。许龙还不死心，说：“桓温已经病重，成就大事就在眼前，殿下怎么能信一个女人说的话呢?”司马奕一听就更明白其中有鬼了，坚决地说：“我因犯下罪过而迁居于此，幸好蒙太后宽宥，怎么敢妄自行动呢?况且太后如有诏书，也应该是属官都会来，怎么偏偏就你一个呢?你必定想借此作乱。”说着就喝令左右，作势要绑住许龙，许龙这才赶忙跑路。
司马奕也算得到善终，知道没了当皇帝的命，于是耽于游乐，无听无闻，整日价优游内宠，饮酒作乐，怀上孩子也不养育。这才保住了命，直至许多年后的太元十一年方才去世。