光绪颁布《明定国是诏》后的第四天，翁同龢被开缺回籍。多数人以为，这是慈禧的决定，光绪只是被迫服从。事实并非这么简单。
清朝向来以“天朝”自居，外国使节前来朝贺，必须行跪拜之礼，这一礼节引起了很多国家的不满。光绪久有革新的愿望，也多次在外交礼仪上表现开明的态度。1898年春节，外国公使照例要来朝廷觐见贺岁。在觐见的前两日，光绪召见军机大臣时称，允许外国使臣的车马进入紫禁城。而在清朝礼制中规定：紫禁城内不可骑马。因此，翁同龢以“不待请而先予，恐亦非礼也”委婉地表示反对。光绪没有采纳他的意见，就连觐见当日，外国公使皆从文华门中门沿御道而出这一违礼行为，光绪也没有追究。
同年5月，德国皇帝威廉二世的弟弟亨利亲王访华，光绪提前命令驻德公使了解西方礼仪，以便接待。4月3日，光绪在召见军机大臣时称，欲用西方礼仪接待亨利亲王，并于毓庆宫接见，“开前星门，于东配殿赐食，准其轿入东华门”。这一系列举措都是对清朝礼制极大的变动。翁同龢又出面反对，他的理由是：第一，毓庆宫供有前代皇后画像，按礼制不能辟中间为过道;第二，配殿太小;第三，德方随员无地方可见;第四，前星门近百年未开启，框木沉陷;第五，乘轿入门不合礼制。光绪一听，怒气大作，斥责道：“尔总不以为然，试问尔条陈者能行乎?否乎?”经过一再争执，光绪不再提毓庆宫了，而将地点定在了颐和园玉澜堂。
5月15日，亨利亲王觐见光绪，亨利入殿门后免冠鞠躬，光绪站立受礼;其随员鞠躬为礼之后，光绪走下来与亨利握手，并在自己御座右侧摆放了一个高凳，请亨利坐下。光绪照着提前拟定好的提纲一一询问，亨利一一作答，最后，二人握手送别。
德方对此次觐见大为满意，而翁同龢却感觉自己国家礼制几乎崩溃。在殿廷之上，他大声呵斥，大放怨言，惹得光绪很是恼火。
就在《明定国是诏》颁布后的第二天，光绪欲在宫内接见外国来访使者，翁同龢又一次反对。他在日记中这样写道：“上欲于宫内见外使，臣以为不可，颇被诘责。”可见君臣二人争执之激烈。
光绪要变法图新，翁同龢却仍旧抱着守旧的大清礼制不放，这无疑是光绪革新路上的绊脚石。作为一个热盼变法的年轻皇帝，自然不愿让一位守旧老臣在自己面前指手画脚。由此看来，翁同龢被罢免也就不足为奇了。