弘光元年(1645年)，称帝仅一年的福王朱由崧便感到了不安。
虽然，朝廷上下全是歌功颂德之声，南京城内也是一片歌舞升平，但是，他从各地的塘报和下边的部队布置中，却隐隐约约的嗅到了山雨欲来风满楼的味道。
一方面，占据京城的清军咄咄逼人，迫不及待地想要南下。要知道，八旗军的战斗力之强，连向来以剽悍著称的李自成都只能拱手将京城献出，然后西逃以避其锋芒。所以，弘光帝不敢妄想从清军手中夺回京城，能够偏安一隅便已经是最好的结果了。
另一方面，一直为弘光朝驻守武昌一带的大将军左良玉，以“清君侧”为名竟起兵八十万想要东击南京。当时，李自成残军未除，清兵在北方虎视眈眈，南明的处境可谓是危机四伏。倘若，此时君臣一心同仇敌忾，尚能维持住这江南的半壁江山。
可是，若御敌不成，反起内讧，那么，就只能坐等其分崩离析了。
其实，左良玉的起兵并非一时兴起。早在福王即位时，祸根便早已悄无声息地种下了。崇祯十七年(1644年)，李自成一路高歌猛进，在攻陷了大同、居庸关、宣府等重镇后，兵锋直指京师。崇祯皇帝虽然有心守城，但手下的将士早已与他离心。
三月十九日，北京城门被人主动打开，李自成长驱直入，直抵皇宫。之后，崇祯皇帝见大势已去，只得自缢而死。一时间，国君死，江山易主，史称“甲申国难”。京城虽陷，国君虽薨，但江南一带尚在明朝的掌控之中，此外，南京曾是明朝初年的都城。
在明成祖朱棣迁都之后，南京作为陪都，仍然保留着完整的六部等行政机构。所以，在此国难之际，在南京扶持新君登基，迅速安定人心，乃是重中之重。但是，崇祯皇帝的几个儿子却在战乱中不知所终。形势危急，并不能一味地等待。于是，南京的文武大臣们认为，既然找不到崇祯皇帝的儿子，就要从朱氏皇族中寻找一位来继承大统。而选择皇位的依据，自然非血缘莫属。
若论起血缘亲疏，那号令江南的理应是福王朱由崧。因为，他和崇祯皇帝同辈，是崇祯皇帝的亲堂兄。同福王相比，另外的几个藩王在当皇帝的可能性上就差了许多。桂王朱常瀛远在广西，且是崇祯皇帝的叔叔，选他当皇帝实在是难以服众。而在杭州的潞王朱常淓虽然离南京近一点，但他不仅是崇祯皇帝的叔叔，还在血缘关系上比桂王和福王远很多。
如此看来，选择福王是无可置疑的事，不论是从血缘关系上还是从地理位置上，福王都有着得天独厚的条件。
但是，东林党的首脑钱谦益却并不同意拥立福王。钱谦益在万历三十八年(1610年)高中探花，此后，他官至礼部侍郎，凭借着自己满腹的才华受到了朝野上下的一致称赞。其实，像他这样既有学识又有功名的重臣，进入大明王朝最高决策机构——内阁，只是早晚的事情。
大明朝虽然不设丞相，可内阁中的阁老早就有了丞相之实。按钱谦益的想法，先进内阁老老实实地混几年，等到年岁渐长，再倚老卖老地登上首辅之位。最后，衣锦还乡，荣归故里，岂不美哉?但可惜的是，钱谦益的仕途之路并不平稳。他先是卷入了科场舞弊案，后在首辅之争中落得惨败。最后，只能以候补阁老的虚名回归家乡。崇祯帝在位的时候，钱谦益费尽心机但始终无法步入政坛。
在崇祯帝自尽后，政治嗅觉极其敏锐的钱谦益立即拥护潞王，并拉拢了史可法、高弘图、左良玉等人。但是，马士英棋高一等，率先与江北四镇的将领合作，把福王扶上了皇位。于是，钱谦益等人看看福王的仪仗队，再看看站在马士英后面的大军，只能无奈地尊福王为帝。
所以，在福王即位后，对钱谦益一党是处处为难。他先是将史可法调往地方，使之远离政治中心，后对左良玉的军粮进行各种克扣。于是，在忍无可忍下，左良玉于当年三月率兵东下，想要向福王要个说法。当时，福王见状，赶忙令马士英和史可法率兵抵抗。
清廷见南明陷入了内乱，于是，在四月趁机南下。而这次领军的，正是鼎鼎大名的豫亲王多铎。因此，在清军猛烈的攻势下，南明军队只能抱头鼠窜。很快，扬州陷落，史可法壮烈殉国。五月，多铎率领清军得意洋洋地进入了南京城。福王虽然赶在城破之前逃了出去，但很快就被清军俘虏了。
就这样，建立仅一年的弘光政权宣告灭亡。
到了隆武二年(1646年)四月九日，有人向摄政王多尔衮进言，称：在京居住的故明衡王、荆王欲起兵反清。到了五月，弘光帝与潞王朱常淓、荆王朱慈煃、德王朱由栎、衡王朱由棷和“太子”王之明等十七人被斩首于菜市口，年仅四十岁。
之后，朱由崧王妃黄氏之弟黄盐梅购得棺木，将其与黄妃合葬于河南孟津县东山头村。
其实，后世之人谈论起短暂的弘光政权时，都对骄奢淫逸的福王唾骂不止。但说到底，弘光政权夭折的根本原因，在于内部的党争。在内部乱作一团的情况下，福王即使再英明，也难以力挽狂澜。所以，弘光政权的灭亡是必然的结局。