历史上很多王朝都有多个都城，并不是明朝首创的。
一、两京制和多京制
最早开创两京制度的是西周王朝，周武王时深感镐京离东方太原，不便于控制中原，于是在东方营建了成周洛邑。
周成王时，平定东方叛乱，周公和成王重新营建了东都洛邑，并建立了军队成周八师保卫东都，以控制东方诸侯。
从此，西周的两京制就确定下来了。一直到西周灭亡，成周洛邑升级成为东周的都城。
所以，史上第一个两京制营建，是政治原因，为了控制辽阔的疆域。而镐京和洛邑也就是后来大名鼎鼎的长安和洛阳最早的遗址，而这两个地方还会长期担任很多王朝的两京。
而在这方面，曹魏也起到了一个开创性的作用。曹丕代汉称帝以后，以洛阳为都，同时长安为汉旧都;许昌为汉献帝旧都;邺城为曹氏做魏公和魏王时的都城;谯郡为曹氏龙兴之地，均冠以都号，称五都。
所以，曹魏的开创性在于，龙兴之地以后也是京都了。
隋时，正式以长安为都城，以洛阳为东都，将两京制作为制度确定下来。唐朝和武周时，一度改东都洛阳为神都，成为都城，也曾学曹魏营建太原为北都。
后来虽然恢复长安为都，但皇帝和大臣们经常也会到东都洛阳办公。唐肃宗定安史之乱，在原三京的基础上加上自己振兴的凤翔府、玄宗难逃的成都府，分置五京。
后来的辽、金、元为游牧政权，更是将多京制度发挥到了极限。
辽“四时捺钵”，并无固定都城，先后营建了辽五京，均以皇族重臣镇守，称留守。皇帝一年要待好几个地方。
金克辽后，为了更好的控制东北、中原，也设有五京。皇帝平时驻中都，后在蒙古人的威胁下屡次迁徙就不说了。
此后的元明清基本也都是两京制或多京制，基本没有一个都城的王朝。而原因，大多也无外乎政治原因和祖先龙兴之地。
历代王朝的都城具体如下(排名第一为帝都，其余为陪都)：
西周：镐京、洛邑;
东汉：洛阳、长安(西京祭祖);
曹魏：洛阳、长安、许昌、谯、邺;
北魏：平城;洛京(洛阳)、北京(平城);
隋：长安(大兴城)、东都(洛阳);
唐：长安、东都(洛阳);长安、洛阳、太原、凤翔、成都;
武周：神都(洛阳)、北都(太原);
北宋：东京(开封府)、西京(河南府);
辽/契丹：上京临潢府、中京大定府、东京辽阳府、南京析津府、西京大同府;
金：上京会宁府(黑龙江阿城)、中都(北京)、南京(河南开封)、中京(大定府)、东京(辽阳府)、西京(大同府);
元：大都(北京)、上都(开平府);
明：洪武建文二帝时-南京(应天府)、北京(开封府)、中都(凤阳);
永乐以后：北京/京师(北平府)、南京(应天府)、中都(凤阳);
清：京师(北京)、盛京(沈阳);
二、明两京的不同
那么，有人会说了，这么多京城，不乱吗?我们以明朝为例进行说明。
虽然大家都是两京制或多京制度，但明朝的两京一都制是最特殊的。
明成祖以燕京为藩所，夺位成功后，总感觉南京待着不爽，而且蒙古人频繁的骚扰边境，北部缺乏军事约束。于是在永乐十九年，正式迁都燕京，为北京顺天府，后改名京师。
但由于南京是太祖生前的都城，不便废除。加上祖先陵寝在凤阳，于是明朝的两京一都制度正式形成。
其他王朝的陪都大多是象征意义，或者祭祀祖先。但明朝的南京是有一整套中央行政机构的，北京正式形成后，南京成为清闲衙门，平时也就管管南直隶一省的事务。
因此，南京的六部人数较少，一般是边缘化的官员贬谪之所。到了明朝中后期，党争或者政治失败的官员都到南京去，由于大量聚集政见不同的官员，甚至还出现了两京之间互掐的情况。
但一般情况下，还是是不乱的，京师的官员们该干事干事，南京六部的官员们则该喝茶喝茶，该翘班翘班。
但有两个时期，南京的官员们比较忙。
一个时期是，海瑞升任南京右都御史的时候。这个时候南京的官员们都在忙着应付海大人的绩效考核，也不敢翘班了，也不敢喝茶了，天天按时打卡，也不知道能做啥，反正至少看起来很忙。
另一个时期是，崇祯死后。
虽然南京是清县衙门，但有两个官员是比较有实权的，这两个人就是南京留守太监和南京兵部尚书。因为南京的行政权虽然被架空了，但还管着南方的军事大权，因此北京这坨被打烂了，南京这坨就要想着如何拥立新帝了。
比如后来的南明第一实权人物史可法在明朝灭亡前的职务就是南京兵部尚书。另外值得一提的是，另一位实权人物马士英是凤阳总督，也就是中都的军事主官。
所以，总的来说，大部分时候，南京和北京都是各安本分，不乱，除非有意外发生。