大元至正二十五年(公元1365年)九月，元顺帝册封扩廓帖木儿为河南王，命其率军平定江淮之乱。
扩廓帖木儿却和元朝将领李思齐、张良弼等人为争夺地盘发生混战。
元顺帝认为扩廓帖木儿心存异志，于是命太子爱猷识理达腊统领天下兵马，率军征讨扩廓帖木儿。
元朝各路诸侯相互混战，大大消耗了元帝国的有生力量。
至正二十七年(1367年)，朱元璋先后平定了陈友谅、张士诚、方国珍等各路英豪，于当年十月打着“驱逐胡虏、恢复中华”的旗号，发动了消灭蒙元的北伐之战。
次年正月，朱元璋建立大明帝国，称皇帝，建元“洪武”。
闰七月，元顺帝原谅了扩廓帖木儿，但已经无力回天。
闰七月廿三日，明军直逼直沽。
廿六日，元朝知枢密院事卜颜帖木儿出大都城(今属北京)迎战明军，兵败被擒杀。
廿七日，元顺帝传旨，命淮王帖木儿不花监国，以庆童任职中书左丞相，做逃亡的准备。
廿八日，召见群臣，宣布迁往上都(今属内蒙古锡林郭勒盟正蓝旗)。
有大臣谏言严守大都，元顺帝认为扩廓帖木儿远在太原，远水不解近渴，外无救兵，不能死守，死守就会重蹈北宋“徽钦二帝”的覆辙。
于是，元顺帝领着皇太子、后妃以及大臣百余人，向上都方向逃窜。
八月初二，大将军徐达率明军攻占大都，八月十五日，元顺帝一行人抵达上都。
大都城破，八十三岁的监国、淮王帖木儿不花等六个不愿投降的官员被斩杀，明军对百姓秋毫无犯，统治中原九十八年的元朝至此灭亡，其逃亡漠北的残余势力建立了北元政权。
至正三十年(1370年)，元顺帝病危，由太子统领军国诸事，四月廿八日，元顺帝驾崩，时年五十一岁，北元上谥号“惠宗”。
明太祖朱元璋认为元顺帝“知顺天命，退避而去”，为其上谥号“顺”。
据史料记载，明太祖朱元璋曾两度有意释放了元顺帝。
第一次是至正二十八年(1368年)，明军攻占通州，徐达命大军按兵不动整整七天，早就知道消息的元顺帝有足够的时间，从容离开大都。
明代思想家冯梦龙在《智囊》一书中记载：洪武初年，大将军徐达奉命追击元军，当明军将元顺帝围困在开平(今属河北唐山开平区)的时候，徐达故意留下一道缺口，使得元顺帝成功逃脱。
大将常遇春非常不满，认为徐达的做法令自己失去了一次立大功的机会。
徐达解释说：“他虽然是夷狄，但毕竟曾经位列天子，号令天下，倘若我等把他抓回去，让主上如何处置?要么封他为侯，要么杀掉，我认为主上两者都不会认可，因此，只有让他逃脱才是最合适的做法。”
常遇春仍然不服气，等到明军班师还朝，朱元璋并没有怪罪徐达。
从这段记载来看，徐达之所以敢如此大胆地放过元顺帝，要么是朱元璋事先有所授意，要么他做过某种暗示。
冯梦龙认为：徐达的做法令明太祖朱元璋减少了许多麻烦，他敢于放掉元顺帝，是揣摩透了明太祖朱元璋的心理。徐达究竟是从哪里看透了皇帝的心思呢?
当初，朱元璋称帝后，遥尊元帝为“顺帝”，同时赦免了陈友谅的儿子陈理，并封其为归命侯，徐达就是通过这两件事，揣摩透了明太祖的心思。
《明史》透露：朱元璋和徐达君臣之间曾讨论过关于元帝去留的问题。
明太祖朱元璋巡幸汴梁的时候，徐达秘密请示说：“元帝若向北逃窜，是否要穷追不舍?”
明太祖说：“元朝的国运早已衰败，他逃跑就算是灭亡了，等他出塞之后，我们谨慎固守就可以了!”
明太祖朱元璋自己也当众提及，曾有意放过元顺帝。
《七修类稿》记载：明朝建立后，明太祖诏令修建历代帝王庙祭祀，其中就有元世祖忽必烈的庙宇。
历代帝王石像凿刻完毕，雕塑工匠开始用颜料修饰，唯有元世祖的石像面部出现泪痕一样的水渍，工匠频频修改，石像依然“泪流不止”，第二天流泪依旧。
朱元璋得知消息，来到元世祖庙，指着石像说：痴心的达子，你胡人入主中国，已经很幸运了，今天把你选为立庙祭祀的人选，朕觉得你还算一代明主。
朕如今接受天命，得了天下，没有对你的子孙斩尽杀绝，只是驱赶到北方大漠了，朕对待灭亡之国，也算是有恩与你等了，你有啥好怨恨的?不要再哭哭啼啼了!
说来也怪，第二天，负责建造庙宇的官员奏报：元世祖忽必烈不哭了，石像装修好了。
从这段史料来看，朱元璋之所以放了元顺帝，是为了像天下人展示他的仁德之心，有利于加强他的统治。