蒙古国对华北的统治方式，是草原贵族原有的统治体系，在它所征服的定居农耕地区的延续。汉地户口的一部分直接领属于大汗，一部分被大汗分封给诸王、宗戚和勋臣。蒙古统治者把主持军事、财赋征敛的部分官员和监临各级地区的达鲁花赤派到华北，同时又以款服入质、领军从征、缴纳差发为条件，允许自金末战乱以来出现在北方的大小军阀世侯，继续行使在各自势力范围内的实际统治权。世侯们集兵刑赋役之政于一己，不相统属。直到忽必烈建立元朝，这种局面才获得根本转变。他借鉴金代制度，在以“藩邸旧臣”为核心的中原知识分子参议下推行“汉法”，同时保留能充分保障蒙古贵族特权地位的种种制度，重新在华北确立了封建的中央集权制统治体系以及相应的各种典章制度。中统、至元间的创置，奠定了有元一代制度。元朝制度多沿袭金制，同时又有不少前代所不具备的特点。其中有的反映了中原王朝历代相承的传统体制本身的发展变化，如行省的设立；有的反映了被保留的蒙古旧制，如蒙古、探马赤军中的奥鲁（老小营）建置；也有一些是在这两者的交互作用下形成的，如刑罚体系中某些不同于前代的变化，对吐蕃地区实行的政教合一的统治等。
行中书省
元朝地方最高行政机构，并为一级政区名称。简称行省，或只称省。元置中书省总理全国政务，也称都省；因大元幅员辽阔，除腹里地区直隶于中书省、西藏地区由宣政院管辖外，又于诸路重要都会设立十个行中书省，以分管各地区。在世祖、武宗朝三次短期设立尚书省主管政务期间，行中书省也相应改称行尚书省。元人称其制为：“都省握天下之机，十省分天下之治。”
除河北、山东、山西由中书省吐蕃地区由宣政院管辖。元帝国在地方设置行中书省。元代“行中书省”的性质，有一个转变的过程。早期是作为中央政府的派出机构，带中书省的职衔，在外行使“省”的职能。灭南宋之后，行省逐渐转变成了一级地方行政组织，其首长也不再带中书省的官衔。
行省下有道、路、府、州、县、基层行政设施。
行政建置
蒙古人建立的元帝国在消灭南宋前，忽必烈为了方便管治中土，就已在中土开始行汉法，将中国的大都作为首都，建立了一套以传统中央集权作蓝本的政治体制，例如设立了中书省和司农司等一系列专司机构，使用汉人的统治机构来统治人民，并在朝中任用了大批儒臣，包括刘秉忠、姚枢、许衡等。首都大都就是在刘秉忠等人的规划下建成的。此外，大元还建立了儒户这个户籍来保护和优待读书人。后来，又恢复了科举制度（不过名额很有限），尊崇孔子。理学是元代科举的标准。从整个政权来说，元代并没有统一的“官方思想”，一般来说，蒙古统治者更多地信奉草原的萨满教与佛教（特别是藏传佛教）。
元世祖中统元年（1260年），遵用汉法，立中书省总领全国政务，始置丞相及平章政事、左丞、右丞、参知政事等宰执官。其后，相继于各大地区建立行中书省。初期，仍沿用前代制度，以中书省宰执官出领各行省，称行某处中书省事。以后此类行省实际上已成为常设的地方行政机构，与前代所置临时性的分遣机构不同，行省官若仍以中书省宰相行省事系衔，就与中书省的权限没有区别，嫌于外重，遂更定官制，只称某处行省某官，不再带中书省宰相职衔。至元二十三年（1286年），铨定省、台、院、部官，罢各行省所设丞相，只置平章政事为最高长官，以与都省相区别。后来，部分地大事繁的行省许设丞相。延祐七年（1320年），复罢各行省丞相，已置者皆降为平章政事。叶顺铁木耳（1324～1328）以后，某些行省又设丞相，视需要及任职者的地位而定。各行省一般置平章政事两员（从一品），右丞、左丞各一员（正二品），参知政事两员（从二品），其品秩与都省官同；左司、右司合为一，置郎中、员外郎、都事，品秩皆低于都省。元末，有些行省还增置“添设”平章、右丞、左丞、参政等官。行省掌管辖境内的钱粮、兵甲、屯种、漕运及其他军国重事，统领路、府、州、县；距离省治远的地方，另设宣慰司统之，作为行省的派出机构。
然而，其“汉法”施行得并不彻底。由于元帝国的覆盖面积较广，除中原地区外还包括许多其它地方，不少中亚汗国君主以及蒙古王室成员都不满忽必烈行汉法的举动，忽必烈晚年也渐与儒臣疏远，因此汉法并未成为一套完整的体系。
法律
元代始终没有颁布完备的法典。至元八年（1271年）以前，中原汉地断理狱讼，基本上参用金泰和律定罪，再按一定的折代关系量刑。至元八年十一月，在建“大元”国号同时，下令禁用泰和律。以后曾数次修律，都没有完成。判狱量刑，主要根据已断案例，类推解释，比附定刑，与其他封建王朝相比，司法的随意性较显著。其他方面的立法行政，也都以诏制、条格（经皇帝亲自裁定或直接由中书省等中央机关颁发给下属部门的各式政令）为依据。因此，元朝的法制体系，主要是由因时立制、临事制宜而陆续颁发的各种单行法构成的。政府下令，凡在朝及地方各衙门均应分别类编先后颁发的各种格例，使官吏有所持循。
当时“内而省部，外而郡府，抄写条格，至数十册。遇事有难决，则检寻旧例，或中所无载，则施行比拟”。条格和断例岁增月积，繁杂重出，互相抵牾。元政府有时将历年所颁降的某一方面的条例重加“分拣”、“斟酌”，厘定“等第”，形成新的法律文字，作为“通例”公布。同时，对国家的政制法程，也几次召集老臣，从以往颁发的政府文书中选出“可著为令者，类集折衷，以示所司”，所成《大元通制》、《至正条格》等格律类聚都是具有法典性质的政书（见《通制条格》）。
元朝法律大体上遵循前代“同类自相犯者，各从本俗法”的原则。“五刑”的刑罚体系与前代相比发生了某些变化。同时，由杀人者向被害者家属偿付烧埋银，以及将刺字断放的前科罪人发付原籍，由官司籍记充“警迹人”，交由村坊邻右监督等规定，从元代开始制度化。对伤害罪，规定由加害者交付给受害者一定数量的“赡养之资”、“医药之资”，对加害者所处的实刑则比前代相应减轻。元代法律从维护蒙古贵族和地主阶级利益出发，制定了种种不平等规定，有些蒙古法，如对偷盗牲畜处以赔九之罚、倍赃制，屠宰牲口时禁抹喉放血等，对施临于汉族居民的刑罚体系也有一定的影响。
等级制度
在封建制度里，贵族处于最高统治地位，当蒙古人侵占其他国家建立政权后，就出现了包括蒙古贵族在内的多个民族贵族并立的情况，这产生了帝国该由谁统治的问题。元朝为维护蒙古贵族的专制统治权，采用“民分四等”的政策，把中国人分为四等：一等蒙古人，二等色目人，三等汉人，四等南人。这一政策维护蒙古贵族的特权。
等级 | 民族 |
|---|---|
第一等 | 蒙古人 |
第二等 | 色目人（主要指西域人，是最早被蒙古征服的，如钦察、唐兀、畏兀儿、回回等，另外，蒙古高原周边的一些较早归附的部族，也属于色目人，如汪古部等。） |
第三等 | 汉人（指淮河以北原金国境内的汉、契丹、女真等族以及较晚被蒙古征服的、四川、云南（大理）人，东北的高丽人也是汉人。） |
第四等 | 南人（最后被蒙古征服的原南宋境内各族，淮河以南不含四川地区的人民。） |
早在大蒙古国时期，成吉思汗攻占中原后有位大臣提出将当地汉人驱赶后把中原变成蒙古人的大牧场。但成吉思汗的谋士契丹人耶律楚材以可以向汉人征收大量税收为由反对这个计划，该提案没有实施。
元朝存在等级歧视制度。一种常见的说法是将臣民分为四等，即蒙古人、色目人、汉人、南人。这种划分反映在一系列不平等的政策和规定中。比如禁止汉人打猎、学习拳击武术、持有兵器（例如数家才可共用一把菜刀）、集会拜神、赶集赶场作买卖、夜间走路。“杀蒙古人的偿命，杀色目人的罚黄金四十巴里失，而杀死一个汉人，只要缴一头毛驴的价钱。汉人如当兵则不许充宿卫，如当官也往往只能做副贰（虽然实际上存在很多例外情况）。这些法律规范对于汉人均不平等。
遇到征伐战争，差别待遇较平时更甚。像1286年，为了进攻安南，征用全国马匹，色目人三匹马中只征两匹；而汉人的马，无论多少，全部征收。以后不断征马，每次如此，汉人的马就成为珍品。
甲主”以上的地方政府首长，全由蒙古人担任。当蒙古人不够分配，或中亚人贿赂够多时，则由中亚人担任。蒙古官员大多数是世袭的，每一个蒙古首长，如州长、县长，他所管辖的一州或一县，就是他的封建采邑，汉人则是他的农奴，他们对汉人没有政治责任，更没有法律责任。但实际上对于许多豪强是不适用的。虽然法令禁止汉人持有兵器，但大兴史氏、易州张氏、真定董氏等待遇和蒙古贵族相差无几。相反许多蒙古贫民生活却很困苦，到了元朝中叶，常有大批蒙古贫民在大都、通州等地被贩卖，色目人也有不少沦为奴仆的。实际还是地主阶级政权。
蒙古大汗可以随时把汉人视如生命的农田，连同农田上的汉人，像奴隶一样赏赐给皇亲国戚——亲王公主或功臣之类。南宋灭亡后所举行的一次赏赐中，少者赏赐数十户数百户，多者竟赏赐十万户。每户以五口计，一次就得到五十万个农奴。汉人忽然间失去了祖宗传留下来的农田，也忽然从自由农民沦为农奴，没有地方可以申诉。蒙古人，都可以随意侵占农田，他们经常突然间把汉人从肥沃的农田上逐走，任凭农田荒芜，生出野草，以便畜牧。