在中国历史上，有不少朝代实施两京制，顾名思义就是设立两个京城，当然两个京城还是有主次之分的。像隋唐时期，东都洛阳在很长时间内属于是辅都性质，而长安属于正都位置，所以两京制度也叫陪都制度。
说起实施两京制的朝代，明朝的两京制度相对其他朝代来说最为特殊，因为留都南京保留了一整套中央机构，可以说有着两个朝廷机构，那么拥有完整中央机构的南京在明朝276年中起到了什么作用呢，南北二京没有起过冲突吗，今天宋安之来具体说说。
公元1368年明太祖朱元璋开国，建立明朝，定都于金陵也就是南京。当时朱元璋以汴梁为北京，以金陵为南京，可以视为明初的两京制。不过在洪武十一年，朱元璋撤销了汴梁的北京封号，所以说明初的两京制并没有确立。
到了明成祖朱棣起靖难之役登基为帝以后，他先是将自己的根基之地北平改名为北京，后来迁都于北京，至此明朝确定了两京制的格局。
当然在很长一段时间内，北京和南京的地位都有些尴尬，北京是一直被称为“行在”，即皇帝率文武百官驻扎的临时首都。而南京身为名义上的都城，却自明成祖以后就没有皇帝回去长时间驻扎办公。也就是明成祖的儿子明仁宗在位时期想迁回南京，不过这位仁宗皇帝在位仅仅十个月而已，所以没来得及付诸行动就驾崩了。
直到明英宗正统六年，明英宗通过颁诏的形式，确定了北京的正都位置和南京的留都位置。从此北京各衙署去“行在”二字，南京各衙署加“南京”二字，意味着明朝两京制度的最终确立。
因为南京是明初的都城，加之其他各种原因，所以保留了一整套中央机构。南京和北京一般，设有完整的六部班子，还有都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构，官员的级别也和北京相同。
可以说留都南京的中央机构，就是明朝朝廷的备份。
那么这两套的中央机构有何不同呢，认真来说南京的中央机构是象征意义大于实际意义。毕竟皇帝在北京，因此真正的决策权出自北京的中央机构。而南京没有皇帝这个主心骨，所谓的中央机构也名不符实。所以就实权来说，北京有决策权，南京没有，权力划分很清楚，因此两者之间并没有什么冲突。
南京的中央机构主要管理是南直隶的相应事务，也不能说没有实权，但相比于北京，肯定是远远不如。
正因为如此，所以南京各衙门多为虚职，很是清闲，任职官员被称之为“吏隐”。所以到了明朝中后期，南京的中央机构实际上已经成为养老机构。还有就是党争失败的官员，往往看似是平级调动到南京，实则是贬到了南京。
所以说明朝留都南京自中后期开始，说白了主要是起到了养老和安置被贬官员两个作用。
当时在留都南京最具有实权的分别是南京参赞机务兵部尚书、南京守备太监、提督南京军务勋臣。这三方中兵部尚书代表了中央机构，太监代表了宦官势力，勋臣则是代表了明朝开国元勋的后裔团体。
到了1644年李自成攻破北京，崇祯帝以身殉国以后，当时南方半壁江山还处于明朝控制之下，留都南京更是有着完整的中央机构，按理说可以起到很好作用，不说复兴明朝，但守住半壁江山还是没问题的。
但历经276年的明王朝早已自上而下的腐朽至极，北京沦陷以后，南京庞大的官僚机构并没有第一时间确立皇帝，而是陷入内乱之中，以钱谦益为代表的东林党跳过距帝统血缘最近的福王，非要立潞王。
而首席大臣兵部尚书史可法则是犹豫不决，既倾向于东林党，又认为按照继承顺序要迎立福王。
最后福王是无奈之下寻求江北三镇的支持，才得以继承皇位，是为弘光帝。但如此一闹，明末本来就军阀化严重，弘光帝又由武将拥立，使得当时武将飞扬跋扈，不遵朝廷命令，所以南明弘光朝一开始的矛盾重重，问题多多，最后勉强坚持不到一年，清军南下便轻轻松松将其攻破。
所以说到了王朝末世，帝国内部其实已经是从上到下已是腐朽至极。诸如明朝留都南京，拥有完整的中央机构，本可以在帝国覆灭之际起到力挽狂澜的作用，结果因为内部斗争，一开始就是矛盾重重，因此并没有起到该有的作用。