江南人民与清军浴血苦战的时候，福建的隆武政权在张肯堂，黄道周等大臣的操劳下，也在积极准备北伐。但是，掌握军事实权的将军郑芝龙，心怀不轨。
郑芝龙本是福建南安人，是来往于福建沿海与南洋一带的大商人兼大海盗，势力很大。后来受明朝招安，做上了福建总兵，实际是个军阀。他也是拥立隆武帝的大臣之一，在小朝廷里举足轻重。
郑成功是郑芝龙的儿子，出生在日本，七岁时回到祖国，受到民族文化的教育，不但聪明敏捷，而且有远大志向，喜欢阅读《孙子兵法》、《春秋左传》等书。
隆武帝准备北伐时，他是他父亲军中的一名将领，才二十二岁。他想跟着大军，北上与清军作战。突然，他听说，父亲不但不参加北伐，还要投降到清军那里去，好保住郑家的财产。他感到痛苦和气愤，就找到父亲劝他，想用民族大义打动父亲，放弃降清的念头。但郑芝龙执迷不悟，亲自到清营投降，反而被清军挟持，带到北京软禁起来。
隆武帝见郑成功赤胆忠心，赐他姓朱，称为“国姓爷”，又任命他为招讨大将军。后来清兵杀来，隆武帝出逃，郑成功的老家也被清军蹂躏，母亲受辱自杀。他悲愤地跑到广东、福建交界处的南澳岛上，招募到一支几千人的武装。又来到厦门，扩大武装，制造战船，操练兵马，准备与清军战斗。
郑成功用计消灭了厦门军阀郑联，合并了他的队伍，力量更加壮大。
郑成功执法如山，纪律严明。在一次战斗中，他堂叔郑芝鹏临阵逃跑，郑成功按照军法，将他斩首。从此，没有人敢再违犯他的军令。
清军派他弟弟带着郑芝龙的亲笔信，来劝郑成功投降，说：“你不过去，父亲的性命难保。”郑成功回信，宣布尽忠不能尽孝，要与父亲决裂，坚持抗清立场。
他还与坚持在广西、云南坚持抗清的永历政权也取得联系，永历皇帝封他做延平郡王。
公元１６５９年，郑成功联合抗清将领张煌言的部队，率领十多万水军，几千艘战船，开始北伐。但不幸在舟山附近海面遇到飓风，损失八千人，只得暂驻舟山修整。第二年，郑成功再次北伐，接连打下瓜洲和镇江，直抵南京城下，江南许多州县，纷纷起义，响应郑成功。可惜他中了清军南京守将假投降的奸计，没有及时攻下南京城，反被清军偷袭，损失惨重，只好退回厦门。
清军乘势向福建扫荡。郑成功面临兵力、财力的困难，转而准备收复台湾，将那里建成抗清的基地。
台湾在福建对岸，自古就是中国的领土。三十多年前，荷兰人侵入台湾，在宝岛上建筑起两座城堡，一座叫赤嵌城（今台湾台南），一座叫做台湾城（今台湾安平），私自在台湾收税，镇压居民的反抗。
郑成功在厦门加紧做收复台湾的军事准备。恰好，在荷兰人手里做翻译的华人何斌（一作何廷斌），受荷兰驻台湾总督揆一的派遣，来与郑成功商量贸易的事。何斌是个爱国的人，他向郑成功反映了台湾人民欢迎大军过海驱逐荷兰侵略者的愿望，又送上一幅荷兰人在台湾军事布防的地图，还有台湾海峡水路图。
这件事，大大坚定了郑成功进军台湾的决心，他不顾一些将领的反对，在公元１６６１年的农历三月，率大军二万五千人，从金门出发，克服了狂风恶浪的袭击，到达鹿耳门港外。通向岛上的有两条航道，南航道水阔港深，好开大船，但荷兰人早将航道堵塞，防守严密；北航道水面窄，礁石多，大船进不去。但涨潮时，有条很窄的航路，可行大船。荷兰人没有在这里设防。郑成功选择从北航道进港，在何斌的导航下，战舰一条跟着一条，悄悄地驶进禾寮港，登上陆地。大军的到来，使台湾各族民众欢欣鼓舞，他们给大军送水送粮食，提供牛车，热情帮助。郑成功部署军队，迅速将荷兰侵略者盘踞的赤嵌城包围起来。
驻守台湾城的揆一派出水陆两支军队来救援赤嵌城。海上一支有四艘战船，最大的叫“赫克脱”号，威力强大。但郑成功水军灵活机动，勇猛顽强，几十艘战船围住它，一阵火攻炮击，“赫克脱”号燃起熊熊大火，接着发生爆炸，沉入海底。其余三艘，掉转船头就跑。其中的邮船“玛利亚”号，竟一口气逃到老窝巴达维亚（今印度尼西亚爪哇）。陆上一支援军二百多人，由彼得尔上尉率领。彼得尔与一百多名士兵被郑军击毙，其余荷军逃回台湾城。
从此，荷兰侵略者只得龟缩在城堡内。赤嵌城内荷军司令断了援军，又缺水源，先扯起白旗投降。剩下的台湾城，防守非常坚固，炮火猛烈，郑军士兵强攻，伤亡不小。因此，郑成功决定将城长期围困，逼荷军投降。
荷兰东印度公司收到逃回去的邮船“玛利亚”号的报告，派来几艘战船救援，又被郑成功水军击败。郑成功在将台湾城围困几个月后，派兵攻占了台湾城外城，使大炮直接对准城里。荷兰总督揆一感到大势已去，不得不开城投降。
受降仪式在郑成功军营里举行，郑成功高坐正中，揆一卸下佩剑，脱下军帽，毕恭毕敬地在降书上签下字，带着他的残兵败将，彻底离开了盘踞三十八年的中国宝岛。
郑成功在岛上建立了一府二县，又从大陆带去了大量的种子、农具和耕牛，组织军队和民众屯田垦荒，发展农业，为进一步开发台湾作出了积极贡献。