东汉末黄巾大起义，经过了十几年的秘密准备，但起义后仅历经9个月的时间，主力就遭到彻底失败，究其原因：
其一，黄巾军面对的敌人强大。起义爆发后，镇压黄巾军不仅有庞大的东汉官军，而且还有各地豪强的大小武装，他们面对的是整个地主阶级的疯狂镇压，最终寡不敌众，终于失败。
其二，由于起义计划被叛徒出卖，使起义不得不仓促发动，各地起义军之间的相互配合发生了极大的困难。尤其是洛阳起义流产，使东汉政府解除了后顾之忧，得以全力镇压外围起义军。
其三，农民起义的历史局限性。从主观方面来说，黄巾军缺乏有战略头脑的军事领袖人物，其起义计划的制定极不完备，起义后各地起义军没有迅速地集结起来，而是分散在各地孤立行动，甚至不进行相互支援配合，终于被官军各个击破。同时起义军首领缺乏军事指挥才能，张角、张梁、张宝、波才、张曼成、赵弘、韩忠等，个个都是只知固守一城一池，或久围坚城，与东汉军拼消耗，不懂得运用灵活的战术战法，取得主动，始终被动挨打，直至失败。
其四，东汉派来镇压黄巾起义的将领，如皇甫嵩、朱儁、曹操等都是一些能征善战的悍将，他们的统兵作战的能力，军事指挥的才能、战术计谋的运用，都高于黄巾军首领，因而往往能够以少胜多，以弱胜强，最终击败黄巾军。
其五，黄巾之乱虽然开始是农民起义，但是在起义后完全背离了刚开始时的宗旨，比当时的官府更疯狂地残害农民，失去了农民拥护的基础，完全化为一股盗匪，得不到广大人民群众的拥护，再加上官府的镇压，最终失败。