胤禛刚登基，对隆科多非常信任，在许多事情上都咨询他的意见，一派君臣和睦相协、同舟共济的景象。
但到1725年下半年，雍正已经对他有所责难，并开始有步骤地打击隆科多。为什么在短短两年时间内，雍正的态度就转了一个大弯呢?
究其原因，主要在于隆科多居功自傲，擅权结党，已对雍正的皇权产生了不利的影响。比如，自比诸葛亮，奏称“白帝城受命之日，即是死期已至之时”一语，又称康熙死日他曾身带匕首以防不测。这虽是在他快倒台的时候说的，但难保在平日不会有此类话语流露。还有，隆科多曾自夸九门提督(步军统领)权力很大，一声令下就可以聚集两万兵马。这些话语多少暴露了隆科多拥立胤禛的真相，自然为雍正所忌讳。实际上，当日畅春园的气氛必然是非常紧张的，步军统领所统辖的兵力也确实约有两万名官兵，而隆科多说他带匕首防身也情有可原。但这些话语后来都成了隆科多的罪状。在罪状中，胤禛认为康熙去世当日隆科多并不在康熙身边，也没有派出近侍之人，隆科多此时重提这些话就是大不敬，就是欺罔，全然没有顾及此前不久他还因为隆科多的拥戴之功而感恩戴德。臣子有功，主上高兴的话可以恩赏，但不允许你自己表功，不然那就是要挟，就是说明主上无能或者无德，这就是大清皇帝雍正的逻辑。
还有一条罪状，说隆科多交结阿灵阿、揆叙。阿灵阿卒于1716年，揆叙卒于1717年，他们都不是雍正一朝的人，这条罪状从何说起?原来，雍正这是在算旧账。早在1708年，群臣推举皇太子时，阿灵阿和揆叙是推举皇八子的核心人物。但隆科多那时似乎并没有什么能量，他只是一个一等侍卫而已。早在1705年，他的副都统、銮仪使之职已被康熙罢去。他是大阿哥的人，虽然大阿哥积极参与谋立八弟，但隆科多毕竟跟胤禩隔了一层。事实的隐情还在于隆科多的父亲佟国维。佟国维在1708年大臣推举之前抢先上奏，提醒康熙对立储之事要谨慎考虑。当时，佟国维已经退休了，但这个上奏的意味还是很明显，等于告诉众臣国舅兼国丈佟国维不赞成复立废太子胤礽，而是意图支持皇八子。当后来康熙追究主谋时，众臣举出大学士马齐，但康熙表示肯定是佟国维，予以斥责，只是没有重罚。毕竟佟国维是皇亲国戚，父皇都没有加罪，雍正也不好说什么。但对阿灵阿和揆叙，雍正在他们死后也不放过，斥之为不忠不孝暴戾阴险之人，俨然是本朝最无耻的大臣。雍正借此张开了清除胤禩集团的大幕。
最终，“隆科多免其正法，于畅春园外造屋三间，永远禁锢”。其赃款数十万两，于家产中追补。长子岳兴阿被革职，次子玉柱被发往黑龙江当差。1728年夏，隆科多于幽愤中死去。而电视剧《雍正王朝》所演，在雍正末年隆科多联合皇八子等人逼宫也就成了无稽之谈。