明成祖永乐元年(1403年)，明朝派人至奴儿干地区招抚，次年各部归附，朝廷任命各首领为指挥同知等职，其后数年，明朝即以此为基础，逐渐在黑龙江、乌苏里江流域成立了一百三十一个卫，永乐七年(1409年)，在当地官员忽剌修奴的建议下，在黑龙江入海口一带成立都指挥使司以统辖各卫，以康旺为都指择同知，王肇舟为指挥佥事。
奴儿干，亦称“耦儿干”、“努而哥”，或作“纳尔干”。据《黑龙江古代简史》载，清人称为尼噜罕(满语“国画”之意)，表示这里山川如画，风景秀丽。奴儿干都司，是明朝在黑龙江下游设置的管辖黑龙江、乌苏里江流域等地区的最高地方军政合一建制。明朝建立后，公元1375年(明洪武八年)，在东北地区南部设置辽东都指挥司使。1395年(明洪武二十八年)，明总兵官周兴等进军到脑温江(今嫩江)、忽刺温河(今呼兰河)和斡朵怜(今依兰县城西马大屯)一带，派官招抚，始建卫所制，设指挥使和千户。1409年(明永乐七年)，明廷决定，升奴儿干卫为奴儿干都指挥使司，简称“奴儿干都司”，驻奴儿干城(今黑龙江下游黑龙江与亨滚河汇合处右岸的特林地方，即元朝征东元帅府的故地)。奴儿干都司为地方最高一级的军政合一建制，直隶于明朝中央政府。明廷经常派遣钦差大臣到奴儿干地区巡视。太监亦失哈从1411—1433年(明永乐九年至宣德八年)的22年中，曾10次前往视察，对都司、卫、所官员授予官职、印信，赏赐衣物钱钞。并在奴儿干都司的山顶上，修建了永宁寺，先后留有“敕建永宁寺记”和“宣德八年重建永宁寺记”两块石碑(现藏于俄罗斯海参崴博物馆)。