1949年前，中国共有13所基督教会大学，这些由传教士建立的大学起点很高，如燕京大学、齐鲁大学等，在20世纪20年代以后，教会大学在中国教育近代化过程中起着某种程度的示范与导向作用。
复旦大学河南校友会副会长兼秘书长@高会民在新浪微博分享了传教士所建的13所基督教会大学，肯定了这些大学的积极作用。
1、 东吴大学
1900年，著名美国传教士林乐知担任了东吴大学董事长，中国第一所民办大学正式诞生，其法学院尤为著名，被誉为“华南第一流的而且是最著名的法学院”，培养了中华民国外长、总理、著名法学家王宠惠，著名法官、法学家吴经熊、李浩培、潘汉典，中国第一位国际大法官倪征燠。上世纪50年代院系调整，其主体为苏州大学，法学院和会计系成为华东政法大学与上海财经大学的基础组成部分。
2、 燕京大学
燕大由诸多学校整合而成，1919年司徒雷登出任校长后整理校务，面貌焕然一新。1929年起正式设立了文学院、理学院、法学院，总共近20个系。
著名校友有黄昆(中科院院士、中国半导体创始人)、孙道临、周汝昌(著名红学家)、王钟翰(著名清史满族史专家)王世襄(书名学者和收藏家)、黄宗江、张广达(著名历史学家)、江平、郑念(著名作家)、谢婉莹(冰心)、周南(新华社前社长)、赵兰坤(连战母亲)、中国前外长等。
1952年由燕京大学直接拆分而成的大学包括今中国政法大学(燕京大学法学院)，中央财经大学(燕京大学经济系)、中央民族大学(燕京大学历史系)，部分由燕京大学拆分到的有：清华大学工学院，新闻系及一些社会学科最终并入中国人民大学。燕京大学校址“燕园”成为院系调整后的北京大学校园。
3、 齐鲁大学
该校是1904至1952年在山东办学的教会大学，由来自美国、英国及加拿大三国的14个基督教教会组织共同筹款联合整合旧有教会学校基础上开办。齐鲁大学校长、毕业于哈佛大学的刘世传自豪地说：“正如我的另一个母校，哈佛大学是美国最老的大学一样，齐大是中国最老的大学，绝对没有一个中国大学能在这一点上赶上齐大!”
1952年全国高等院校调整，齐鲁大学被解体，相关院系并入不同的大学，如药学系并入今中国药科大学，理学院中的生物、物理和化学三系并入今山东师范大学。
4、 上海圣约翰大学
创建于1870年的上海，由美国圣公会上海主教施约瑟将原来的两所圣公会学校培雅书院和恩度书院合并而成，乃中国第一所高等教育学府。1949年圣约翰大学(新闻系及部分文理系科)并入国立复旦大学，1951年圣约翰大学土建系科组并入同济大学;1952年圣约翰大学经济系并入今上海财经大学;政治系并入华东政法大学，圣约翰大学理科各系、教育系、中文系并入现在的华东师范大学;圣约翰大学医学院参与建立上海第二医科大学，现并入上海交通大学。林语堂、顾维钧、荣毅仁、邹韬奋、张爱玲、联合国国际法院院长史久镛、中国基础化学奠基人孙学悟、汉语拼音创始人周有光、老上海实业大王刘鸿生、国学大师吴宓、著名女诗人成幼殊等都是该校荣誉校友。圣约翰大学校友多活跃于商界、政界、文学界、外交界和医务界，对中国的历史进程起到过重要影响。
5、之江大学
其前身是宁波崇信义塾，1845年由美国基督教长老会麦卡第(MC等人创办。1952年全国高等院校调整院系，之大建筑工程系并入同济大学，商学院、工商管理财经系并入现在的上海财大，工程学院各系、文学院各系及部分数理化学系先后并入浙江大学。
上海圣约翰大学
6、华西协和大学
1905年基督教各差会决定联合在四川政治文化中心成都创办一所规模宏大、科学完备的高等学府，并由毕启、启尔德和陶维新等人着手筹建。这是成都乃至中国西部建立的第一所现代化意义的大学，是中国牙科学发源地，享有“东亚第一”美誉，其文理哲各科在当时的西南地区也处于顶端位置。为筹措建校经费，毕启先后15次横渡太平洋回国及在中国内地多方游说筹集办学经费，经手的中外各界捐款达400多万美元。1952年院系调整中，该校被肢解，学校医学院接收了重庆大学医学院后建立现在的四川大学华西医学中心;文理哲学院合并到四川大学，藏品丰富的历史博物馆调整到四川大学;社会学系及民族学组构成现在的西南民族大学;工学院被合并到现在的四川联合大学;农学院被合并成现在的四川农业大学。
7、华中大学
是20世纪上半叶华中地区几个英美基督教差会联合创办的教会大学。1952年改称今华中师范大学，并将其搬出，原址建立今湖北中医药大学。
8、金陵大学
原是美国基督教会创办的私立大学，始建于1888年。1910年经各联合教会协议，由每个差会交付相当于4万美元的土地、房屋、设备、现金，提供3名教师，每年出捐助费0.24万美金。后来，在此基础上有所增加，到1922年时，提供教师数增加为5名，年捐款数增加为0.4万美金。1934年，美国纽约州立大学承认金大与其他国际间大学同等学术地位，并能颁发获国际认可之学士和硕士学位。1952年院系调整，金陵大学文学院全部及理学院主体并入南京大学;教育系并入现在的南京师范大学;农学院主体并入现在的南京农业大学;农学院林学系并入现在的南京林业大学;理学院电机系并入东南大学;理学院化工系参与组建南京工业大学;电影与广播专修科组建北京电影学院。
9、10福建协和大学和华南女子文理学院
福建协和大学系创建于1915年的教会大学，华南女子文理学院是美以美会(1939年以后称卫理公会)在福州创办的一所教会女子大学。1951年1月，教育部决定接办福建协和大学和华南女子文理学院，将两校合并成立福州大学。原私立福建协和大学校区内设福州大学农学院。1952年厦门大学农学院并入福州大学农学院，是现在的福建农林大学;福州大学以后改名福建师范大学。
11、金陵女子文理学院
是中国近代著名的女子教会大学，1915年在南京开学。第一任校长是德本康夫人，1928年，德本康夫人辞去校长职务，校董会推选金陵女大首届毕业生、留美博士吴贻芳为校长。1951年，私立金陵女子文理学院与私立金陵大学合并为公立金陵大学。1952年，金陵大学主体与南京大学合并。
12、沪江大学
创办于1906年，原名上海浸会大学，是一所教会大学。上海浸会大学最初的校长为美国人柏高德博士。另设浸会神学院，由美国人万应远博士任院长。1952年高等学校院系调整，沪江大学各系分别并入今复旦大学、华东师范大学、上海财经大学等相关院校，校址移归上海机械学院，为今上海理工大学。
沪江大学
13、岭南大学
最初由美国基督教会创办，以后由国人自办。1952院系调整中，岭南大学与中山大学及其他院校的理工科合并，组成现在的华南理工大学，校址设在岭南大学旧址。其余学科经过合并调整，分别组成中山大学、今华南农大、华南师范大学和中山医学院。
另外，李提摩太在山西办山西大学。
教会大学的出现使中国高等教育与西方高等教育的差距一下子缩短了几百年，在华最好的教会大学的水平接近了同时代欧美一般大学的程度。教会大学在体制、机构、计划、课程、方法乃至规章制度诸多方面，更为直接地引进西方近代教育模式，从而在教育界和社会上产生颇为深刻的影响，为中国高等教育作出了不可磨灭的贡献。