水师是指中国古代在江河湖海等水域实施军事行动的军事力量。由于水域的范畴既包括了海洋，也有江河湖等陆上水域，因此一般而言，水师不等于海军。那么北洋水师是什么时候成为海军的呢?一个重要的标志，就是1888年清廷公布的《北洋海军章程》。
1888年年初，清廷在英国和德国订购的4艘军舰，在邓世昌等人的管带下入列北洋水师。5月，李鸿章亲自验收这4条军舰，并出海巡视了北洋水师各舰的训练。这个时候的北洋水师，已经拥有舰船25艘，总排水量已经达到3.7万吨;同时，作为海军舰队不可少的基地建设，也已经初见成效：旅顺基地基础建设和炮台已经完工了;威海基地建设也已经全面展开。以大沽口、旅顺和威海卫为3大支撑的“环渤海防御圈”基本成型。海军成军所必备作战和后勤保障等物质条件，都已经初具。但仅有这些还是不够的。李鸿章本人有着丰富的军旅生涯。淮军就是他一手创办的。因此他很清楚规矩章程对创建一支军队的意义。在他的提议和主持下，有丁汝昌和刘步蟾、林泰曾参加的海军章程的制定工作启动了。
中国古代水师是有自己章程的。但已经不可能继续在近代化的新型舰队当中贯彻应用。因为海军章程所包括的内容，不仅有舰队日常管理规定，还有大量的内容涉及组织编制、兵员保障、奖励制度、训练程序、后勤保障、涉外事务等。1888年4月，章程制定小组成员参考绿营水师和长江水师旧有的章程，同时参考英国和德国军队的有关文件，以英国海军章程为蓝本，经过了3个月的细致工作，完成了《北洋海军章程》的初稿。在这当中，李鸿章因出海偶感风寒，但卧病休养期间，他还抱病参与讨论，指示将草稿征求外籍洋员、特别是时任北洋水师总查英国人琅威理的意见。当初稿完成以后，李鸿章命人携带进京，交给醇亲王审读。这是他在寻求政治后台的支持。
9月30日，海军衙门正式将章程奏呈慈禧太后。据说慈禧看后十分高兴，还表扬了起草人员。3天后，慈禧发布了一道懿旨批准施行这个章程。也就是从这时起，北洋海军正式成军了。从此北洋正式文件中不再使用“北洋水师”的称谓，改以“北洋海军”。
值得注意的是北洋海军的待遇，为了吸引优秀人才进入海军，它在薪俸报酬上大幅提高，军官的收入比清朝绿营军中的同级别高出100%不止。如邓世昌是副将衔，按规定他的年收入应该是3240两，比绿营副将1177两的收入高出2.75倍。同样，水手士兵的收入也高于绿营兵。这种规定，在晚清动荡的社会中，对稳定兵员，增强战斗力具有重要意义。
有一点可能大家并不清楚，《北洋海军章程》中规定了以长方形黄龙旗作为军旗。在此之前，水师悬挂的旗帜是三角形黄龙旗。为了便于与外国舰船的海上交往，改成了更为醒目和国际通用的长方形。以国旗作为海军旗，这在中国没有先例，在世界恐怕也不多见。北洋海军有了大清的正式军队编制，成为一支与国际接轨的舰队，封建王朝和与国际接轨，这两个性质相悖的东西同时出现在了北洋海军，它又预示着什么呢?