明朝末年，李自成等多支农民起义队伍揭竿而起，攻城略地，渐成汪洋之势，黑暗腐朽的明王朝摇摇欲坠。崇祯十年(1637年)。李自成的一支队伍进攻四川，后沿白龙江，由洮州西人番地，转战千里。在河州西川与洪承畴所部大战，义军受挫，折回洮州，攻羊撤关，并过今临潭羊沙乡，东进岷州、西和、礼县山中。后转战甘、宁、陕、进而直取北京，建立了大顺朝。
吴三桂引清兵入关后，清军残酷镇压了陕、甘地区的起义军，重新恢复了封建统治。清圣祖康熙七年(1668年)，改巩昌布政使司为甘肃布政使司，徙治兰州。兰州府领河州、今夏河县拉卜楞以北、大夏河以西属河州。乾隆二十七年(1762)设循化抚番厅，辖口外南番21寨，即今夏河县全部和合作市大部分地区。卓尼杨土司管内辖12掌尕(城区)、外四掌尕(郊区)，全境48旗。洮州、清沿明制。至雍正二年(1724年)改属巩昌府。乾隆十三年(1748年)戴卫，改为洮州厅。在西固(今舟曲县)境内，顺治十二年(1655年)置阶州西固分州。雍正七年(1729年)阶州改为直隶州。其时今舟曲境内尚有多纳赵土司和黑峪寺黄土司辖地。
清王朝正式将青海等地控制以后。进一步加强了对蒙、藏各族人民的统治，规定青海诸王爷台吉等论功罪，定赏罚。定期推选盟长，按期朝贡。还规定每年四月，在指定地点，由官军监督进行贸易。雍正九年(1731年)，清政府划定藏区各部落牧地。次年，在牧区派专人普遍征收赋税，每户每年征收贡马，折银八分。
清初。在洮州、河州等5个茶马司所在地，茶马交易沿袭明代旧制，其中洮马居其七、岷马居其三，洮州纳马番人66族，由陕西茶马御史管辖。招商转运川、陕茶叶，交换藏、蒙马匹。当时、以上马给茶12篦(每篦10斤)，中马给茶9篦，下马给茶6篦。茶入藏区关口，均有驻军巡查，私茶过境，拿官治罪。与藏民交易只准在集市上进行。不准殴民进入内地交换。
鸦片战争后，以太平天国革命为标志，在全国各地广泛掀起了一个反对帝国主义列强、反封建、反民族压迫的革命高潮。甘南各族人民遥相呼应，积极参与了这场斗争。道光二十六年(1846年)四月。陕甘总督布彦泰派兵置过黄河，进军循化所属的黑错(今合作市)四沟，搜索前藏族首领昏卜刚究、索努脱巴等人。黑错地区的藏族人民为免遭清兵屠戮，进行了英勇顽强的武装抵抗。在清兵优势兵力和大炮的进攻下，抵抗斗争惨遭失败，但起义军不畏强暴的精神却永载史册。