清朝的地方行政制度实行的是督抚制。当时全国划分为23个省，每个省设一名巡抚，为主管一省民政的最高长官。总督权力比巡抚大得多，但与巡抚之间没有直接的隶属关系，总督和巡抚都是对上直接听命于皇帝。不同的是总督可以管数省，侧重军事，巡抚只管一省，侧重民政。当时全国设八大总督，分别为直隶、两江、闽浙、两湖、陕甘、四川、两广、云贵总督。这就不难看出浙江事实上是归闽浙总督管的。李沛诚所著《中国历代改革者》一书中专门介绍两江总督管辖的是：江苏、安徽、江西三省。
总督和巡抚合称“督抚”，都是从明朝开始设置的。那时，政府派大臣处置地方军政事务，有两种头衔，全称分别是“总督某地等处地方提督军务粮饷兼巡抚事”和“巡抚某地等处地方提督军务兼理粮饷”，前者就是总督，后者就是巡抚，都属于临时性质事罢还朝。
清朝时，正式以督抚为地方最高长官。总督管辖一省或二三省，冶理辖区内的军民要政。巡抚是省级地方长官，总揽一省的军事、吏治、刑狱等事。鸦片战争前，清朝全国有8总督16巡抚。8总督为：直隶、陕西、甘肃、浙江、湖南、湖北、广东、广西、云南、贵州、福建、江西。东北奉天、吉林、黑龙江三省的督抚一直到公元1906年才设置。直隶、四川两省只设总督，不设巡抚。甘肃巡抚于1754年撤去，由陕甘总督兼任。公元1884年，建新疆省，开始设甘肃新疆巡抚，驻乌鲁木齐。公元1885年，台湾建省，改福建巡抚为台湾巡抚，驻台北，福建巡抚由闽浙总督兼任。其余各省则督抚并置。总督的官品高于巡抚。
附：清朝官制
清朝是中国历史上最后一个封建王朝，集各种权力于一身的皇帝，总结历史上各朝代的经验，为加强中央集权，削弱、分化大臣权利，以防权臣篡位，建立了一套有别于以前各朝的官制。
内阁：明朝时为了进一步集权而不设宰相、中书省等机构，宰相的权利转移到内阁，由内阁来处理国家政务。清朝继承了这一做法，内阁的首辅大学士以及协办大学士都被称为中堂，即宰相的别称，但实权则由军机处掌握，在军机处任职的官员称为军机大臣，统称大军机，军机大臣的僚属称为军机章京，又称小军机。
中央行政机构：
清朝沿袭明朝传统，设六部(吏、户、礼、兵、刑、工)，各部长官(管部的大学士及尚书、侍郎等)称堂官，部下属各司的郎中、员外郎、主事以及主事一下的七品小京官称为司官。
在六部之外和六部并立的中央行政机构有：大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、国子监、钦天监、翰林院、太医院、理藩院、宗人府、詹事府、内务府。
军事系统：
清朝军队主要分八旗和绿营两个系统。八旗又分京营和驻防两部分，京营中侍卫皇帝的称为亲军，由侍卫处(领侍卫府)领侍卫内大臣和御前大臣分掌，而御前大臣持掌乾清门侍卫和皇帝出行随扈，权位尤重。其他守卫京师的有骁骑营、前锋营、护军营、步兵营、健锐营、火器营、神机营、虎枪营、善扑营等。骁骑营由八旗都统直辖;前锋营、护军营、步兵营各设统领管辖;健锐营、火器营、神机营由于都是特种兵，设掌印总统大臣或管理大臣管辖;虎枪营专任扈从、围猎等，设总统管辖;善扑营则专门练习摔角。
驻防八旗驻扎于全国各重要之地，视情况不同设将军、都统、副都统、城守尉、防守尉等官。内地将军等只管军事，而驻扎边疆的将军等要兼管民政。清朝的将军是满官的称号，战时则任命亲王为大将军。
绿营即汉兵，驻扎京师的称巡捕营，归步军统领管辖。绿营的建制分标、协、营、汛几级，标又分为督标、抚标、提标、镇标、军标、河标、漕标等，分别由总督、巡抚、提督、总兵、八旗驻防将军、河道总督、漕运总督统率。督标、抚标、军标、河标、漕标都是兼辖，实际各省绿营独立组织为提标、镇标，提督实为一省的最高武官，总兵略低于提督。总兵以下，副将所属为协，参将、游击、都司、守备所属为营，千总、把总、外委所属为汛。
行宪机构：
清朝沿袭明代设监察院，左都御史、左副都御史为监察院长官，右都御史、右副都御史则为总督、巡抚的加衔。
地方行政：
清沿袭明制，大致分省、府、县三级，总督、巡抚为掌握行政、军事、监察大权的高级地方官员，布政、按察两使为督、抚的属官。与督、抚平行的有驻防将军和提督学政，不过驻防将军只管八旗驻军;提督学政只管学校与科举考试，其权力不能与督、抚相比的。省以下有道的设置，道为监察区性质，不算正式行政区。道主要有分守道和分巡道两种，兼兵备衔，另有一些不属布政、按察二司的道，如海关道、管河道、督粮道、盐法道等。省以下为府，设知府、同知、通判等官，与府平行的有直隶厅，设同知、通判。府以下为县，设知县、县丞、主簿等官，与县平行的为散厅，设置同直隶厅。在少数民族地区则设专门机构管理，即土司，一般分为两种：一种由军事部门管辖，如宣慰司、宣抚司、安抚司、招讨司、长官司等，长官为宣慰使、宣抚使、安抚使等;另一种是由行政部门管辖，也设府、县等，官员称土知府、土知县，通常由少数民族头人担任。