总督直接掌管的部队称为督标，相应的巡抚的部队称为抚标，这部分部队由总督或巡抚直接调配，但调动部队应通知中央的兵部或军机处，否则可能遭到弹劾。其将领由兵部任命，但总督巡抚也可直接任命，并报兵部备案。
各省的其他部队还包括有将军管理的驻防八旗，这部分军队督抚调动不了。部分专业部队，比如漕运、巡盐、河道等等部队，有各自领导管理，各省督抚通常也动不了。其他绿营兵有本省提督管辖，除直属提标以外，以下还有总兵、副将、参将、游击、都司、守备、把总等等各级军官，层层管理。提督受兵部和总督双重领导，在地方军队的指挥系统中属于总督的下属，但其任命通常由军机处直接任命，总督对提督只有参劾权，没有任免权。清政府把提督作为对总督的地方兵权的一种牵制。提督以下各级将领，高级将领如总兵、副将由中央任命，中低级将领由总督提名，中央批准。
到了清末，绿营形同虚设，地方上基本靠湘、淮等私兵系统维持。督标抚标自然是督抚的亲兵，其调动、人事任免等权利基本由督抚掌握，中央基本失去对其控制的能力。提督多与总督巡抚有密切联系，否则就会被督抚欺凌弹劾，难以任职，而中央不敢得罪督抚，因此督抚对提督以下军官的控制权大大增强，各级军官与督抚逐步形成依附关系，其调动任免虽然形式上依然由中央控制，但中央基本上要遵循督抚的意图，双方虽有摩擦，但总的形势是兵权逐步下移。
总的来说，总督的兵权在清中前期较大，但受到的制约也很多。虽然中央给予了总督很大的临时决定权，但同时也设置了将军、巡抚、提督等等对总督的军权加以制约，而且军官的任免权被牢牢地控制在中央手中，因此总督调兵遣将并不能随心所欲，而是要受控于中央。到了清朝末期，总督对军队的控制权逐步增强，各省部队逐步变为督抚的私兵，督抚也逐步成为各地的军阀前身。
要注意的是，清末时期，总督和巡抚之间的关系有所调整，在清朝中前期，总督偏重军政，巡抚偏重民政，巡抚并非提督的上司，总督对所辖各省军队均有控制权，而巡抚在此方面则远远不如总督。但清末时期，总督在驻在省的军权迅速增强的同时，逐步失去了其所辖其他省的军队调度权，比如湖广总督，其对湖北军队有直接管辖调度权，但对湖南军队基本不能加以指挥调动，湖南的军队由湖南巡抚控制。也就是说，在没有总督驻在的省份，巡抚对军队的控制与总督一样，巡抚由偏重民政变为军民共重，督抚之间的差异基本消失。
《清史稿·职官三》：“总督，从一品。掌釐治军民，综制文武，察举官吏，修饬封疆。标下有副将、参将等官。巡抚，从二品。掌宣布德意，抚安齐民，修明政刑，兴革利弊，考覈群吏，会总督以诏废置。标下有参将、游击等官。”
《清史稿·职官四》：“副将，从二品。为提、镇分守险汛曰提标，为总督综理军务曰督标中军，将军标、河标、漕标亦如之。参将，正三品。游击，初制正三品。顺治十年改从。掌防汛军政，充各镇中军官。”