八旗制度是由女真(满)民族所独创的一种军政合一的组织形式，八旗的官制形式非常独特，其内部的大小官员既是军事统帅，又是行政长官，还负责掌管所有旗人的户籍乃至经济生活。
八旗制度可以溯源到满族的氏族制阶段。当时，满族在从事狩猎活动或军事行动时，通常采取以家族或村寨人口组成的“牛录”(意即“箭”)作为组织单位。最初的“牛录”由每十人组成，公选一名牛录额真(意即“箭主”)作为队长。努尔哈赤起兵后，将属下军民按牛录编制，规定每300人为一牛录。随着努尔哈赤逐渐统一各部，1601年，在他的指示下，正式成立了红、黄、蓝、白四旗，后又将四旗扩大为八旗，即由原来的正四旗各加镶边(黄、白、蓝旗镶红边，红旗镶白边)，形成了镶红、镶黄、镶蓝、镶白四旗(“镶”字也写做“厢”)。关于八旗颜色的确定有多种说法，一说是依照“五行相克”说制订的——“两黄旗位正北，取土胜水；两白旗位正东，取金胜木；两红旗位正西，取火胜金；两蓝旗位正南，取水胜火，水色本黑，而旗以指麾六师，或夜行黑色难辩，故以蓝代之。”据说八旗军行军、驻扎时的位置均按此规定执行。
在组织方面，形成了牛录、甲喇、固山由小到大三级组织形式。八旗制度规定，每5牛录设一名甲喇额真(意为“节主”)，5甲喇之上设一名固山额真(旗主)，每名固山额真左右设两名梅勒额真(翼主，可理解为旗主的副官)。在八旗制度下，只有旗人没有族人，所有女真族人均按八种旗帜进行编户，全体旗人“出则为兵，入则为民”，平时耕猎，战时出征，每旗可保证提供7500人的“常备军”。八旗形成初期，实行战利品“论功行赏”，军费由旗人分摊。随着战争中掠获人口的大量增加，各旗包衣(家人、仆人)阶层人口日益膨胀，这些人属于各旗旗人的私有财产，在旗兵出征时也常常跟随主人一同作战，因此，八旗军队的实际数量要远远超出规定数字。
清朝入关后，八旗职官名称在顺治年间又进行了较大调整，从固山额真到牛录额真均作以全新定名，如固山额真改名为都统，梅勒额真为副都统，甲喇额真为参领，牛录额真为佐领。此次改称之后，八旗主要官职名称再未有改动，一直沿用至清终之时。
随着后金的发展壮大，蒙古部族和大量汉人纷纷归附。为加强管理，皇太极于1633年正式另编汉军为一旗，后经过数次增扩，到1642年，终于编成八旗汉军。1634年，皇太极还把在他统治下的蒙古民族改编成了八旗蒙古。八旗汉军、八旗蒙古和八旗满洲的建制类同，共同构成清代八旗制度的整体。实际上，八旗中的民族构成非常丰富，除满族外，还兼容了蒙古、朝鲜、锡伯、赫哲、达斡尔、鄂温克、鄂伦春等其他民族。据记载，康熙年间，镶黄旗满洲都统第四参领的第十七佐领，是由先后来归的俄罗斯人编成的。在满族的发展过程中，不仅有满族的汉化，同时也有大量蒙古族、汉族等其他民族的满族化，有研究表明，在清初时期民族融合的现象已经十分明显，老北京有一句谚语叫做“不分满汉、但问民旗”说的就是此事。各旗委任都统时，一般不考虑担任都统时人的旗籍，满族可以担任蒙古、汉军八旗都统，汉军、蒙古八旗出身者也可以担任满洲八旗的都统。到光绪朝以后，开始任用不在旗的汉族人士做都统，冯国璋、段祺瑞、王士珍等北洋出身的将领都做过八旗都统。
入关后，清朝政府为了保证兵源，在政治经济上给予八旗人丁的优待，其中包括圈拨旗地，免除赋役，发给官兵粮饷。但从此北京和驻防关内各地的八旗人丁被束缚在一个狭窄的圈子里。由于旗人长期脱离生产，原有的淳朴勇武风气逐渐丧失，而生活上安于游惰的风气却蔓延开来。清政府虽提出“扭转风气”、“筹划生计”，但完全属于治标不治本，加上人口大量增加，导致很多旗丁的生活每况愈下。清朝中期以后，财政状况日益恶化，从咸丰、同治年间起，北京旗兵的饷银和禄米分发中已经出现了减成发放的现象，到光绪年间只按照七成发放。到1906年还设立了八旗工厂，想“使八旗子弟，人人皆能各执一业，以为谋生自立之基”，但已经积重难返，于事无补。
辛亥革命后，八旗制度与清王朝一起退出了历史舞台。