二战结束后，围绕着天皇在战争中究竟充当了一个什么样的角色，争议始终不断。那么，揆诸历史，真相究竟如何呢?
利用内阁、军部的对立，裕仁天皇居于其间，对重大事务作出决策
明治维新以来，日本实行所谓“兵政分离主义”。按照《日本帝国宪法》，一方面，天皇“总揽统治权”，内阁“国务各大臣，辅弼天皇，负其责任”;另一方面，“天皇统帅海陆军”，由陆军参谋本部、海军军令部辅翼，实行“统帅权独立”原则，内阁无权干涉。因为内阁与军部互不统属，又几乎在所有重大问题上都存有分歧，为实现“国策统一”，他们只能听从天皇“圣裁”。裕仁正是利用利益集团间的相互制衡，使自己处于决策核心。
1945年初，日本败局已定时，东条英机、重光葵都提醒天皇，苏联将日本视为东亚的最大威胁，如果战争继续，日本将被“共产化”，危及国体。而天皇与大本营则相信，苏联在未来同英美的对抗中，会需要日本，寄希望于苏联出面调停。为此，裕仁甚至一度置《波茨坦公告》于不顾，直至苏联出兵东北。裕仁这个政策选择，让日本国民遭受了原本不必的两颗原子弹袭击。
天皇的存在，压制了各机构对自身利益的过度追求，使日本需要一个统一决策时，就能迅速获得。但是自幼深居宫中的裕仁，缺少外交、军事经验，只能依靠宫中大臣与各种情报判断局势，很多时候的决断并不正确。同时，他也没有能力真正弥合政府与军部的关系，只是让两者保持表面上的“一致”，实则是暂时掩盖矛盾，为战败埋下伏笔。
裕仁天皇不是不问政事的“立宪君主”，能充分行使统治大权
为了提高这种多元体制的效率，日本在战时先后设置了“大本营政府联络会议”“大本营政府联络恳谈会”“最高战争指导会议”等。如果商讨的内容极为重要，还要有天皇出席，召开所谓“御前会议”。这个会议的意义之一，就是让外界看到，“内阁与军统帅部之间对需要商议的事务经过妥协达成合意”。
除此之外，裕仁还能通过大本营向陆军、海军发布“大陆令”、“大海令”;以发布诏敕表达对战争的意见。依照档案统计，二战期间，大陆令发至1392号、大海令共发361次，而关于军事的诏敕也有200多件。这些都是裕仁天皇在日本近代特殊体制中，游刃于政府、军部之上，行使统治大权的明证。