子
长子宪怀太子朱翊釴，母李皇后，生五岁殇，赠裕世子。隆庆元年追谥。
次子靖悼王朱翊铃，母不详。生未逾年殇，赠蓝田王。隆庆元年追加封谥。
三子明神宗，母李太后。
四子潞简王朱翊镠，母李太后
女
蓬莱公主，早逝。
太和公主，早逝。隆庆元年与蓬莱公主同日追册。
寿阳公主，万历九年下嫁侯拱辰。国本议起，拱辰掌宗人府，亦具疏力争。卒赠太傅，谥荣康。
永宁公主，下嫁梁邦瑞。万历三十五年薨。
瑞安公主，神宗同母妹。万历十三年下嫁万炜。崇祯时，主累加大长公主。所产子及庶子万长祚、万弘祚皆官都督。万炜官至太傅，管宗人府印。尝以亲臣侍经筵，每文华进讲，佩刀入直。李建泰西征，命炜以太牢告庙，年七十余矣。1644年甲申国变，同子长祚死于贼。弘祚投水死，长祚妻李氏亦赴井死。
延庆公主，万历十五年下嫁王昺。昺尝救御史刘光复，触帝怒，削职。明光宗立，复官。
栖霞公主朱尧姜，隆庆六年九月薨(《明史》无载，见《霞公主圹志》、《宛署杂记》、《神宗实录》