来到中国最早的一批传教士，以16世纪的利玛窦最为有名，继利玛窦之后，德国耶稣会士汤若望于17世纪初满怀着对东方的幻想来到了中国的明王朝，历经几代皇帝变更，甚至目睹了明清朝代的更替。数十年来，汤若望一直从事着历书的编纂和整理，深受皇帝的赏识，清军入关之后，汤若望便被顺治皇帝所接纳，他的学识深深打动了清廷的王室，包括孝庄太后、顺治皇帝在内，很多人都从他身上学到了许多西方的自然科学知识和人文思想。
对于汤若望等传教士受宠之事，大臣鳌拜深感为恨。鳌拜认为，过多听信西学，会动摇清王朝的传统根基，因此汤若望不除不行。于是他和反对西学派的大臣联合起来陷害汤若望，由于刚刚登基的康熙小皇帝尚未能完全把持朝政，所以无法营救汤若望，直到孝庄太皇太后出面，汤若望等西学者才走出监牢。
然而，从鳌拜的身上就可以看到，清王朝的绝大多数臣子对西学和传教士都是有所忌惮的。虽然康熙皇帝对西洋科学甚是沉迷，常常仔细钻研，并鼓励天主教在中国发展、允许传教士传教，可是他的儿子雍正皇帝却对传教士深恶痛绝，甚至将传教士逐出中国，杀害大批西学者。
雍正皇帝之所以这样做，起因源于福建一起教会案件。雍正元年(1723年)，福建省福安县有一个生员教徒突然弃教，向官府告状，声称教士修建教堂，大肆敛财，教堂里男女混杂，实在是败坏风气，有辱斯文。对于封建传统礼教甚是严格的古代社会，男女一向不得逾越，但西洋教会却并没有这种限制，而西学主张的民主思想、人人平等对君权提出挑战，更是动摇大清社稷之根本。雍正皇帝越发觉得传教士具有无形的危险性，几经思量，终于下诏全国驱逐传教士。
雍正驱逐传教士是逐步进行且手段缓和，他的驱逐理由即是西洋传教的覆盖面积过大，有意识形态侵略的嫌疑，同时也妨碍了其他宗教的发展，所以传教士在中国的活动应当被有效地遏制。另外，康熙皇帝在位期间，罗马教皇于1715年发布禁令，严禁中国教徒尊孔祭天，康熙帝对此非常震怒，于是下令只有承认中国礼仪的教士才能留在中国，意思是与罗马教皇分庭抗礼。雍正帝作为康熙帝的继承人，自然不能在气势上输给对方。
还有一件事情是雍正帝不得不担心的。由于西洋传教士所宣传的思想是反封建、反专制的，因此民间有很多组织借西学的名义策划反动活动，令清廷不堪滋扰，因此传教士驱逐活动迫在眉睫。
种种原因叠加在一起，令雍正帝下定决心驱逐传教士。就这样，西方传教士渐渐从中土各地消失殆尽，只在广州一带还有活动。一些留在南洋的传教士依靠办新闻报纸的方式立稳脚跟，却再也不敢以传教的名义畅游中国。清王朝也是自雍正帝开始，实行了闭关锁国政策，这无疑加速了清王朝落后和灭亡的趋势。