19世纪80年代后，随着西学的传播和洋务运动的发展，科举制度发生改变。1888年，清政府准设算学科取士，首次将自然科学纳入考试内容。1898年，加设经济特科，荐举经时济变之才。同时，应康有为等建议，废八股改试策论，以时务策命题，严禁凭楷法优劣定高下。戊戌变法失败后，慈禧下令所有考试悉照旧制。
1901年9月清廷实行“新政”后，各地封疆大吏纷纷上奏，重提改革科举，恢复经济特科，1904年，清廷颁布《奏定学堂章程》，此时，科举考试已改八股为策论，但尚未废除。因科举为利禄所在，人们趋之若鹜，新式学校难以发展，因此清廷诏准袁世凯、张之洞所奏，将育人、取才合于学校一途。至此，在中国历史上延续了1300多年的科举制度最终被废除，科举取士与学校教育实现了彻底分离。
1905年9月2日，袁世凯、张之洞奏请立停科举，以便推广学堂，咸趋实学。清廷诏准自1906年开始，所有乡会试一律停止，各省岁科考试亦即停止，并令学务大臣迅速颁发各种教科书，责成各督抚实力通筹，严饬府厅州县赶紧于乡城各处遍设蒙小学堂。
科举制度在1905年被废除的根本原因是科举制不能满足国家选拔人才的需要。
科举制废除还有以下原因：
1、经济上，随着社会的进步科举制已经不适应经济的发展，阻碍了社会生产力的发展。
2、政治上，清朝末期统治面临内忧外患的局面，科举制以失去了为封建王朝服务的性质，在一定程度上阻碍了国家得统治。
3、文化上，西方文化的传入，使得民主思想有了进一步的发展，开始呼唤改革。