农民起义领袖由于历史局限性，不能分析复杂的社会局面，隋朝灭亡后失去了斗争目标先后投降了新王朝，充当了地主阶级改朝换代的工具。农民军没有防止混入起义队伍中的地主阶级分子和隋朝的残余势力，他们逐渐影响起义军向封建军队转化，瓦岗军领导人翟让没有认...
在有利形势下，瓦岗军却出现了内争，在军事上也因久顿洛阳坚城之下而失去了发展机会，李密怀疑翟让要夺权，竟谋害了翟让。后来他又重用隋朝降官降将，不爱惜士卒，致使部众逐渐离心。宇文化及率军10余万人北上到了河南地区时，原隋朝太原留守李渊在长安称帝，建立了唐朝;隋朝的残余势力杨侗也在洛阳称帝(史称皇泰主)。此时，李密不能利用杨侗与宇文化及之间的矛盾，反为杨侗所利用。当杨侗派人招降李密时，李密为了避免两面受敌，竟接受了杨侗的官封，调集精兵专击宇文化及军。后来瓦岗军与宇文化及军大战于童山(今中国中部河南省浚县西南)下。这次作战，瓦岗军虽取胜，但实力大为削弱。窃取了洛阳军政大权的王世充乘机进攻，瓦岗军在不利情况下与之决战，结果败于偃师(今属河南)。李密率余部投降李渊。不久，又离唐以图再举，为唐朝大将盛彦师所杀。
瓦岗军失败后， 农民战争仍在延续。 唐朝武德二年(公元619年)春，窦建德攻破聊城(今山东省聊城东北)，擒杀了宇文化及，接着又攻下许多州县。但他曾派使者去洛阳朝见皇泰主杨侗。后来唐朝的秦王李世民率军攻打洛阳的王世充，王向窦建德求救。窦担心唐灭王后将危及自己，就率军10余万人前往援救，被李世民军打败了。此时全国大部地区已为唐军所有，至此，隋末以来农民起义战争基本结束。
隋末农民起义军经过8年浴血奋战，造成了隋朝总崩溃的趋势，三大起义军消灭了张须陁、薛世雄、宇文化及三支隋军主力，促成了隋炀帝江都被杀，李渊攻取长安的局面。隋末三支大军在河北、中原、江淮三个战场分兵作战，没有联合为一支强大队伍，虽然在客观上起到了相互支援的作用，却难以形成强大力量，很容易被地主阶级武装各个击破。农民起义领袖由于历史局限性，不能分析复杂的社会局面，隋朝灭亡后失去了斗争目标先后投降了新王朝，充当了地主阶级改朝换代的工具。农民军没有防止混入起义队伍中的地主阶级分子和隋朝的残余势力，他们逐渐影响起义军向封建军队转化，瓦岗军领导人翟让没有认识到领导权的重要性，拱手让出了政权，导致了义军瓦解，英勇奋斗14年的隋末农民起义的胜利果实被李渊地主集团夺去。但是，这次农民大起义，推翻了隋炀帝的暴虐统治，打击了士族地主，对唐初的政治、经济产生了重大的影响。