随父学医
李时珍塑像李时珍，明武宗正德十三年农历五月二十六日(1518年7月3日)生于湖北蕲春县蕲州镇东长街之瓦屑坝。
其祖父是草药医生，父亲李言闻是当时名医，曾任太医院例目。当时民间医生地位低下，生活艰苦，其父不愿李时珍再学医药。李时珍14岁时随父到黄州府应试，中秀才而归，李时珍出身于医生世家，自幼热爱医学，并不热衷于科举，其后曾三次赴武昌应试，均不第，故决心弃儒学医，钻研医学。23岁随其父学医，医名日盛。
太医
明世宗嘉靖三十年(1551年)，李时珍38岁时，因治好了富顺王朱厚焜儿子的病而医名大显，被武昌的楚王朱英裣聘为王府的“奉祠正”，兼管良医所事务。明嘉靖三十五年(1556年)李时珍又被推荐到太医院工作。授“太医院判”职务。三年后，又被推荐上京任太医院判。任职一年，便辞职回乡。
关于李时珍这一段在太医院工作的经历，史学界有诸多争论，有人认为李时珍曾出任太医院院判(正六品)，但也有人认为他只是担当御医(正八品)。无论其职位高低，李时珍被荐于朝是不可否认的事实。太医院的工作经历，有可能给他的一生带来了重大影响，为编写《本草纲目》打下基础。这期间，李时珍积极地从事药物研究工作，经常出入于太医院的药房及御药库，认真仔细地比较、鉴别各地的药材，搜集了大量的资料，同时还有机会饱览了王府和皇家珍藏的丰富典籍，包括《本草品汇精要》。与此同时从宫廷中获得了当时有关民间的大量本草相关信息，并看到了许多平时难以见到的药物标本，开阔了眼界，丰富知识。
东璧堂行医
东璧堂是李时珍于明世宗嘉靖三十七年(1558年)从太医院还乡后创立的堂号，辞官返乡后坐堂行医，致力于对药物的考察研究，在此期间，以自己的字——东璧为堂号，创立了东璧堂。
潜心著述
李时珍在数十年行医以及阅读古典医籍的过程中，发现古代本草书中存在着不少错误，决心重新编纂一部本草书籍。35岁开始编写《本草纲目》，以《证类本草》为蓝本，参考了800多部书籍，其间，从嘉靖四十四年(1565年)起，多次离家外出考察，足迹遍及湖广、江西、直隶许多名山大川，弄清了许多疑难问题。
在编写《本草纲目》的过程中，最使李时珍头痛的就是由于药名混杂，往往弄不清药物的形状生长的情况。过去的本草书，虽然作了反复的解释，但是由于有些作者没有深入实际进行调查研究，而是在书本上抄来抄去，所以越解释越糊涂，而且矛盾倍出，使人莫衷一是。例如药物远志，南北朝著名医药学家陶弘景说它是小草，象麻黄，但颜色青，开白花，宋代马志却认为它象大青，并责备陶弘景根本不认识远志。又如狗脊一药，有的说它象萆薢，有的说它象拔葜，有的又说它象贯众，说法很不一致。在他父亲的启示下，李时珍认识到，“读万卷书”固然需要，但“行万里路”更不可少。于是，他既“搜罗百氏”，又“采访四方”，深入实际进行调查。
蕲蛇，即蕲州产的白花蛇，这种药有医治风痹、惊搐、癣癞等功用。李时珍早就有研究它，但开始只从蛇贩子那里观察。内行人提醒他，那是从江南兴国州(今阳新县)山里捕来的，不是真的蕲蛇。为了找到真正的蕲蛇，他请教一位捕蛇的人，人家告诉他，蕲蛇牙尖有剧毒，人被咬伤，要立即截肢，否则就中毒死亡。在治疗上对诸病有特效，因之非常贵重。州官逼着群众冒着生命危险去捉，以便向皇帝进贡。蕲州那么大，其实只有城北龙峰山上才有真正的蕲蛇。李时珍追根究底，要亲眼观察蕲蛇，于是请捕蛇人带他上了龙峰山上。
龙峰山有个狻猊(Suānní)洞，洞周围怪石嶙峋，灌木丛生，缠绕在灌木上的石南藤。蕲蛇喜欢吃石南藤的花叶，在捕蛇人的帮助下，终于亲眼看见了蕲蛇，并看到了捕蛇、制蛇的全过程。《本草纲目》写到白花蛇时，说得简明准确。李时珍了解药物，并不满足于走马看花式的调查，而是“一一采视，颇得其真”，“罗列诸品，反复谛视”，对着实物进行比较核对。这样弄清了不少似是而非、含混不清的药物。
鲮鲤，即穿山甲，是常用的中药。陶弘景说它能水陆两栖，白天爬上岩来，张开鳞甲，装出死了的样子，引诱蚂蚁进入甲内，再闭上鳞甲，潜入水中，然后开甲让蚂蚁浮出，再吞食。为了了解陶弘景的说法是否对头，李时珍亲自上山去观察。并在樵夫、猎人的帮助下，捉到了一只穿山甲。从它的胃里剖出了一升左右的蚂蚁，证实穿山甲动物这点，陶弘景是说对了。不过，从观察中，他发现穿山甲食蚁时，是搔开蚁穴，进行舐食，而不是诱蚁入甲，下水吞食，李时珍肯定了陶弘景对的一面，也纠正了其错误之处。
经过27年的长期努力，于明神宗万历六年(1578年)完成《本草纲目》初稿，时年61岁。以后又经过10年做了三次修改，前后共计40年。万历二十二年(公元1593年)去世。万历二十五年(1596年)，也就是李时珍逝世后的第三年，《本草纲目》在金陵(今南京)正式刊行。