耿弇的父亲耿况，曾与王莽从弟王伋同学，后为朔调连率(即上谷太守)。耿弇少年时期以勤奋好学著称。常见郡中岁终举行郡试，讲武练兵，由衷爱好，因而学习骑射，喜好兵法。
更始元年(23)，刘玄建立更始政权，派遣将领占据各地，其中有人凭借权势撤换了一些郡县的太守县令。耿况因是王莽任命的官员，心中非常不安，命年方二十一岁的耿弇去朝见刘玄，贡献方物，以图巩固自己的地位。耿弇从上谷南行至宋子县，适逢王郎自称汉成帝之子刘子舆，在邯郸起事。随从耿弇的上谷郡吏孙仓、卫包信以为真，遂投奔王郎。耿弇因长安道路阻隔，听说更始大司马刘秀在卢奴，乃北上晋见，被任命为门下吏。耿弇请求回上谷发兵攻取邯郸，刘秀笑道：“小小年纪竟有大志啊!”因此数次召见他并加恩慰。
不久，刘秀北至蓟城。后来，刘秀听说邯郸派兵来蓟，欲要南下，召集官属商议。耿弇道：“渔阳太守彭宠，是您的同乡;上谷太守，是我的父亲。发动这两郡人马，有万骑之众，邯郸是容易夺取的。”刘秀官属都不愿北行，刘秀却指着耿弇道：“这是我的北道主人。”恰巧这时蓟城骚乱，刘秀匆忙南下，官属各自分散。
平定河北
更始二年(24)，耿弇回到昌平，劝说父亲耿况归附刘秀。耿况派寇恂前往渔阳，约同渔阳太守彭宠发兵支持刘秀，二郡各发骑兵二千、步兵一千。于是，耿弇、寇恂、景丹率上谷兵与吴汉所率渔阳兵会师南下，沿途击斩王郎的大将、九卿、校尉以下四百余人，攻取涿郡、中山、巨鹿、清河、河间所属二十二县，终于在广阿追上了刘秀。这时，刘秀正在进攻王郎，见二郡兵马前来非常高兴，封耿况为大将军、归义侯，耿弇、吴汉等人皆为偏将军。此后，耿弇等人随刘秀攻克邯郸。
刘玄见刘秀声威日盛，对他产生疑忌，于是遣使者立其为萧王，令他罢兵率领部下将士回长安，又派遣苗曾为幽州牧，韦顺为上谷太守，蔡充为渔阳太守，企图瓦解刘秀在河北的势力。当时刘秀居住于邯郸宫温明殿，耿弇前至床前道：“今更始失政，君臣淫乱，诸将在京畿之内擅作威福，王公贵戚们在京都纵横暴虐。天子之命，出不了城门，下面的州牧郡守，动不动就被迁徙更换，百姓不知所从，士民莫敢自安。虏掠财物，劫掠妇女，怀有金玉的大富显贵，没有能生还的。平民百姓捶胸顿足，反而更加思念王莽。又有铜马、赤眉等起义军，拥众数十百万，更始不能剿灭。更始的失败为期不远。您首举义旗于南阳，破百万之军;今平定河北，据有天府之地。以大义讨伐，发出号令，群起响应，天下只要传檄就可平定。天下是最为重要的，不可让外姓人得到。听说有使者从西方来，要你罢兵，千万别听。今官吏士卒死亡的多，我愿回幽州去，增发精兵，以成大计。”
刘秀听了十分高兴，拜耿弇为大将军，令他与吴汉北上征发幽州十郡兵马。耿弇到上谷，斩杀韦顺、蔡充，吴汉也杀掉苗曾。不久，耿弇率幽州兵南下，随刘秀转战河北，击破铜马、高湖、青犊、赤眉、尤来、五幡、大枪等各路农民军，屡立战功。
横扫山东
建武元年(25)，刘秀称帝。耿弇拜建威大将军，与景丹、陈俊攻破厌新贼。建武二年(26)，耿弇封好畤侯，食邑两县。建武三年(27)，延岑自汉中出武关，侵扰南阳各县，攻破数城。耿弇率军与延岑大战于穰县，大败敌军。延岑率数骑逃奔东阳，与秦丰合兵一处。 此时，彭宠攻陷蓟城，自称燕王，涿郡太守张丰起兵响应。耿弇击败延岑后，
随刘秀至舂凌，请求“定彭宠于渔阳，取张丰于涿郡，还收富平、获索，东攻张步，以平齐地”。刘秀甚为嘉许。建武四年(28)，刘秀命耿弇进攻渔阳。耿弇因父亲耿况曾与彭宠有交情，又没有家属留在洛阳，恐怕引起疑心，上书请求回还洛阳。刘秀下诏要他放心，并命他与王常一起屯兵涿郡。耿况闻知命耿国到洛阳侍候天子，以表忠心。刘秀进封耿况为隃麋侯，命耿弇与建义大将军朱祐、汉忠将军王常等进攻望都、故安等地农民军。建武五年(29)，耿弇与大司马吴汉迫降平原地区的富平、获索两支农民军。刘秀遂命耿弇进讨张步。
耿弇率骑都尉刘歆、太山太守陈俊率兵东进，从桥阳桥渡河。张步得知，派大将军费邑屯军历下，又分兵屯祝阿，又在太山钟城列数十座军营待耿弇来攻。耿弇渡过黄河后先攻取祝阿，围城时故意留一角，使祝阿人逃奔钟城。钟城兵民闻祝阿失守，纷纷逃奔，于是汉军不战而取得了钟城要塞。费邑又派其弟费敢把守要隘巨里(地名)，令军中修理攻具，扬言三日后攻巨里，引诱费邑前来救援。费邑果然统率三万精兵前来，耿弇留三千人围巨里，自率精兵埋伏山坡两侧，当费邑兵到，居高临下冲溃敌军，斩杀费邑，费敢逃走。然后，耿弇纵兵扫荡未降的残兵四十余营，一举平定了济南郡。
当时张步定都于剧县(今山东昌乐县西)，耿弇攻克济南郡后，进逼剧城。张步派其弟张蓝率领精兵二万驻守临淄西北的西安，各郡太守所部万余人驻守临淄，相距四十余里。耿弇进军画中(地名)，处在二城之间。耿弇见西安城小而坚固，张蓝部下多是精兵，易守难攻，临淄城虽大而易攻，便准备采取声东击西的策略，扬言五日后将攻西安。张蓝闻知后，日夜警戒严守。到了后四日夜半，耿弇却命诸将赶到临淄城下。护军荀梁等认为应速攻西安。耿弇道：“西安听说我们要攻它，日夜作了准备;临淄出其不意而到，必定惊扰，我攻它一天就能拿下。攻下临淄西安就孤立了，张蓝与张步隔绝，必定再逃亡而去，这就是击一而得二的良计。若先攻西安，一时不能破城，屯兵在坚城之下，死伤必多，即使能攻下，张蓝引军还奔临淄，合并兵力，坐观虚实，我深入敌地，后面粮草供应不上，十日之间，不战而困了。诸君的意见，不见得合适。”于是进攻临淄，半天便破城，进据城内。张蓝听到后率部逃归剧县。
耿弇命令军中不得妄自侵掠，到达剧县城下，必须等到张步到了才发起进攻，以激怒张步。张步听到后大笑说：“以尤来、大彤十多万众，我都就其营而打败他。今天耿弇兵比他们少，又都疲劳，有什么可怕呢!”于是与三弟张蓝、张弘、张寿及大彤大帅重异等率兵到临淄大城东，欲攻打耿弇。耿弇先出淄水，与重异相遇，故意示弱以盛其气焰，回兵小城，陈兵城内。张步气盛，直攻耿弇营地，与刘歆等大战。耿弇登上王宫的坏台观看，又自率精兵从侧面突击张步兵阵，大破张步。战中，飞矢射中耿弇股部。次日早晨，耿弇又勒兵出战。陈俊对耿弇说：“剧贼兵强盛，可暂时闭营休养士卒，以等待皇帝到来。”耿弇说：“天子将到，臣子应杀牛洒酒以等待百官的到来，反而还要以贼虏来麻烦君上吗?”于是出兵大战，自清晨至黄昏，再次大破张步军，杀伤无数。耿弇知道张步兵困将退，预先设置左右两翼伏兵以待。到深夜，张步果然引兵退去，两翼伏兵奋起纵击，追到钜昧水，八九十里死尸相连，收得辎重两千多辆。张步回剧县，兄弟各自分兵散去。
几日后，刘秀亲自到临淄劳军。群臣大会，刘秀盛赞耿弇，并将其与韩信相比。不久，耿弇再次追击张步。张步逃到平寿，脱去上衣身负斧锧请罪于军门。耿弇送张步到行辕，而勒兵进据其城。后来。耿弇再引兵至城阳，收降五校余党，平定齐地，凯旋回京。
征讨陇右
建武六年(30)，耿弇西拒隗嚣，屯兵于漆县。建武八年(32)，耿弇又随刘秀进攻陇右。建武九年(33)，耿弇与中郎将来歙分兵平定安定、北地诸营堡。
晚年生活
建武十三年(37)，刘秀命增加耿弇的食邑。不久，耿弇上缴大将军印绶，以列侯身份列席朝会。刘秀每遇四方有不同意见，经常召见耿弇顾问筹策。
永平元年(58)，耿弇病逝，年仅五十六岁，谥封为愍侯。