1888年，正式成军。在1909年南北洋海军合并后，作为独立舰队的存在正式消失。
福建水师：
又称福建海军。是中国第一支近代化海军舰队，由福州船政局节制。同时也是当时装备国产化程度最高的一支近代化舰队。
1884年中法战争之前，规模，实力均为国内之首。驻防福建沿海，主要舰船由船政工厂自制，因此又称船政水师。
广东水师：
也叫广东海军，清朝末期部署于南海区域的一支近代化海军舰队，直接建立在旧绿营水师编制的基础之上，长官为广东水师提督，受两广总督节制，主要基地设在广州黄埔。广东海军的特点是成立时间早，舰船数量多，种类繁杂，规模小。但仍是装备近代化舰船。
甲午海战前，广东海军的旗舰是广甲号无防护巡洋舰。与北洋海军，南洋海军，福建海军并称中国第一批近代化海军。宣统元年与其他三支舰队合并为长江舰队和远洋舰队。