奉命出家
韦小宝返回北京，向康熙报告了顺治出家一事，本望皇上重赏，谁知康熙在夸赞一番后竟命他赴少林寺出家，朝夕之间十几岁的韦小宝竟成了与年过八旬的少林寺方丈同辈的“晦明禅师”。“高僧”在寺中穷极无聊，便要生事，他纵酒狎妓，屡犯戒律，把一个千年古刹、佛门静地搞得乌烟瘴气、乱七八糟。
一天，韦小宝出寺闲逛，竟碰到美女阿珂和阿琪在水中嬉戏，韦小宝对阿珂的美貌迷惑，发誓要娶她为妻，韦小宝从她们的谈话中得知她们是要找她们的师父，扮做小神仙给阿珂姐妹占起卦来，韦小宝说出她们的去向，阿珂阿琪信以为真来少林寺找师父，却和少林寺小和尚净济打了起来，韦小宝也加入战团，无意之间抓了阿珂胸部一把，阿珂受辱割颈自刎。后韦小宝把阿珂抱回寺中，治好了她的伤，后韦小宝解开阿珂穴道却被阿珂刺伤。阿珂逃出寺庙，韦小宝伤心意绝。
阿珂师姐阿琪带着蒙古王子葛尔丹一行人来少林寺挑衅，要少林寺交出阿珂，吴三桂手下的杨溢之认出了韦小宝是桂公公，替他圆场化解了矛盾。韦小宝以他的聪明才智，令葛尔丹等人知难而退，只好离去。
后来韦小宝到山下接到双儿一起前赴五台山清凉寺，五台山的清凉寺被数千名道士包围，目的是活捉行痴大师(顺治帝)，小宝只好施行金蝉脱壳之计，假扮道士带行痴等人逃离清凉寺，半途碰到赶来微服出行的康熙。顺治经不起康熙的苦苦哀求，父子终于相认。
拜师九难
康熙在殿内参拜时，却遭来九难刺杀他，幸得小宝舍命相救，被九难劫走。小宝为了脱身，再次利用刺杀鳌拜之事说服九难。九难带小宝去京城，二人进入皇宫，九难没想到竟碰上昔日的宫女陶红英，原来九难师太就是长平九公主。后来二人在慈宁宫得到了一本四十二章经。
后来九难带着小宝来到崇祯陵墓，韦小宝没想到竟和阿珂在这里又相见了，还是九难师太的徒弟，韦小宝故意装做无辜可怜让阿珂责骂，九难看阿珂得寸进尺，制止阿珂来维护小宝，令阿珂非常生气。九难却因经书遭来喇嘛的追杀，小宝略施小计刺死三名喇嘛，不过九难已身受重伤。韦小宝带阿珂、九难逃走，在途中巧遇阿珂的朋友郑克塽，郑克塽说自己是台湾郑家二公子，更邀请九难共同赴河间府出席“杀桂”大会，九难答应和他一路同行。
喇嘛头巴颜追到酒馆发现九难伤势还未复原，要她交出四十二章经，小宝将蒙汗药撒在酒中乘机逃走。躲进了草垛之中，韦小宝捉弄郑克塽却被赶来的巴颜抓住，阿珂出面相救郑克塽，韦小宝无奈只好为了阿珂出面和这群喇嘛玩起了智斗，这群喇嘛败在小宝手下，小宝戏弄喇嘛，将空皮四十二章经撒上化尸粉扔给喇嘛，喇嘛中计被化尸，巴颜抱着空经书离去，九难感激小宝让她避过了这一劫，小宝为求接近阿珂，趁机请九难收他为徒，九难欣然答应。郑克塽带着阿珂去参加“杀桂”大会，却让韦小宝不开心，九难师太看出韦小宝的心事，带他到树林中传授武功“神行百变”。
韦小宝跟踪郑克塽和阿珂，却被阿珂责骂，韦小宝痛狠郑克塽之极，可无能为力，碰巧遇见来找他的多隆和一群侍卫，韦小宝借多隆之手痛打郑克塽，又乘机卖弄英雄救美的本事。而后又上演了一出“高老庄成亲”，撮合乡下丑女和郑克塽成亲，自己又和阿珂成亲。后来，受九难之托，韦小宝回京了。